1. 細胞周期背景介紹 細胞周期(cell cycle)是指細胞從一次分裂完成開始到下一次分裂結(jié)束所經(jīng)歷的全過程，分為間期與分裂期兩個階段。在細胞周期過程中，細胞的遺傳物質(zhì)復(fù)...
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Seurat之細胞周期評分 -
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Seurat | 解決了FindAllMarkers在大數(shù)據(jù)集上的速度短板
??Seurat作為知名的單細胞數(shù)據(jù)分析框架，雖然很好用，但在大數(shù)據(jù)集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在試圖解決，比如通過引入featu...
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miloR分析-基于 KNN 圖的細胞差異豐度分析方法
參考1、后續(xù)分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
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scRNA---Day7(scater)跟著官網(wǎng)說明學(xué)習(xí)scater包 introductionscater contains tools to help with the analysis of single-c...
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基因表達分析（上）- 差異表達分析基因表達 什么是基因表達，如下是來自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 定量PCR（即時聚合酶鏈鎖反應(yīng)...
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「R shiny 基礎(chǔ)」初識Shiny傳送門 Shiny基礎(chǔ)教程: 「R shiny 基礎(chǔ)」初識Shiny 「R shiny 基礎(chǔ)」如何進行網(wǎng)頁布局 「R shiny基礎(chǔ)」增加一些小控件 「R shiny基礎(chǔ)」交...
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使用scran分析單細胞數(shù)據(jù)官網(wǎng)教程：Scran1.20.1（最新）[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scran/ins...
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方法更新---細胞豐度差異分析（miloR）作者，Evil Genius 最近在看一些文章的時候，發(fā)現(xiàn)在計算細胞豐度差異的時候采用了miloR的方法，今天我們來關(guān)注一下。 moilR的原文如下，2022年就發(fā)表了。 與...
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CNS圖表復(fù)現(xiàn)16—inferCNV結(jié)果解讀及利用
本文是參考學(xué)習(xí)CNS圖表復(fù)現(xiàn)16—inferCNV結(jié)果解讀及利用[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0MQ==&mid=...
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Seurat整合數(shù)據(jù)集
官方流程：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_mapping.html[https://satijalab.o...
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inferCNV安裝心路歷程
infercnv 包的安裝依賴于rjags，rjags包依賴于JAGS庫文件，因此，首先需要安裝JAGS。 windows 安裝 1、下載應(yīng)用程序 JAGS-4.3.0.ex...
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非負矩陣分解（NMF）應(yīng)用于scRNAseq的細胞分群NMF算法簡介 非負矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為，對于任意給定的一個非負矩陣V，NMF算法能夠找到...
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搬磚的工人<br>
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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單細胞數(shù)據(jù)擬時序分析-destiny單細胞數(shù)據(jù)分析常用到建立trajectory和pseudoTime，擬時序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 給每個細胞添加注釋信息，如這...
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R包sva去除批次效應(yīng)關(guān)于sva包 sva的用戶說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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scATAC分析神器ArchR初探-簡介（1）scATAC分析神器ArchR初探-簡介（1）[http://www.itdecent.cn/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR進...
