@JosieC 都是 RNA assay，但是可能是不同的 slot
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
設(shè)置成 FALSE 試試
R可視化之ComplexHeatmap【三】：拆分特別聲明：本部分（系列）內(nèi)容均來(lái)自顧祖光博士對(duì)ComplexHeatmap的介紹，僅為學(xué)習(xí)交流，尊重原創(chuàng)。 熱圖系列我們已經(jīng)有： R可視化之ComplexHeatmap【一】...
動(dòng)動(dòng)發(fā)財(cái)?shù)男∈?，點(diǎn)個(gè)贊吧！ 這是有關(guān)分析和優(yōu)化在 GPU 上運(yùn)行的 PyTorch 模型主題的系列文章的第二部分。在第一篇文章中，我們演示了使用 PyTorch Profil...
生物本身就是一個(gè)復(fù)雜的體系，我們必須使用多維數(shù)據(jù)來(lái)對(duì)之進(jìn)行準(zhǔn)確描述，而這一點(diǎn)在生物信息學(xué)領(lǐng)域體現(xiàn)的尤為突出，以經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例： bulk RNA-seq作為一種經(jīng)典的基...
不積跬步，無(wú)以至千里 本期我們嘗試復(fù)現(xiàn)2023年7月7日發(fā)表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
遇到有人問(wèn)，如何使用ggplot2繪制這樣的氣泡圖： 于是找了個(gè)nature communications中的數(shù)據(jù)來(lái)嘗試進(jìn)行繪制，但具體是哪篇文章我可能已經(jīng)無(wú)法溯源了，不過(guò)好...
@FangRan RNA assay 的 data slot
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細(xì)胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會(huì)遇到整合分析的問(wèn)題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect），那么什么是批次效應(yīng)呢？簡(jiǎn)而言之，批次效應(yīng)就是由于不同時(shí)間、不同實(shí)驗(yàn)人員...
將python程序打包成exe 打包成exe需要安裝第三方庫(kù)：pip install pyinstaller安裝完成，cmd中輸入pyinstaller回車查看是否安裝成功；...
原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
@f2558914b1f3 哪一張
一文闡述鏈特異性測(cè)序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個(gè)問(wèn)題的理解給...
動(dòng)動(dòng)發(fā)財(cái)?shù)男∈?，點(diǎn)個(gè)贊吧！ 在本教程[https://datavizpyr.com/reverse-legend-key-order-in-ggplot2/]中，我們將學(xué)習(xí)如...
@2d99ad195479 應(yīng)該不會(huì)有問(wèn)題，只是取了子集而已，再查一下代碼
細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會(huì)發(fā)生相互作用...
@2d99ad195479 看看其他工具，celltalker cellphonedb
細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會(huì)發(fā)生相互作用...
@2d99ad195479 我記得新版本還有斑馬魚，應(yīng)該只能做這三個(gè)物種，因?yàn)樗麄兪謩?dòng)搜集的數(shù)據(jù)庫(kù)只包含這三個(gè)物種
細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會(huì)相互作用，形成“細(xì)胞社會(huì)”，在這個(gè)社會(huì)里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會(huì)發(fā)生相互作用...
STAR 沒(méi)有這個(gè)參數(shù)，比對(duì)的時(shí)候無(wú)關(guān)庫(kù)的類型哈
一文闡述鏈特異性測(cè)序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對(duì)于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個(gè)問(wèn)題的理解給...
有沒(méi)有辦法向工信部舉報(bào)啊
看簡(jiǎn)書變化——簡(jiǎn)書廣告歡迎大家閱讀新一期的《看簡(jiǎn)書變化——簡(jiǎn)書廣告》，雖然每天寫的文章除了自己，也沒(méi)什么人看，但也堅(jiān)持寫下去，算是培養(yǎng)自己的習(xí)慣吧！記錄生活嘛！好的，廢話不多說(shuō)，今天我們來(lái)聊一聊簡(jiǎn)...
