發(fā)簡信
IP屬地：四川
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Dendropy是一個Python 的庫，專門用來進行進化樹的計算。他提供了用于模擬、處理、操作進化樹的類和方法。他支持讀寫多種格式的進化數(shù)據(jù)，比如NEXUS，NEWICK，NeXML，Phylip，F(xiàn)ASTA等等。
2019-06-04-多基因聯(lián)合建樹MP-EST（mpest）
MP-EST通過maximizing a pseudo-likelihood function 從一組rooted gene trees構(gòu)建物種樹。MP-EST2.0 可以識...
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@鈴_0d92 好的，謝謝
PSMC分析有效群體大小（Ne）
1 軟件準備 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 數(shù)據(jù)準備 二倍體物種（該分析是結(jié)合雜合度來分析的）??！ Ref_genome.fa: 組裝...
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學習筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學<br>
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
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寫的好詳細，不過我實驗室沒錢測GWAS，只能上簡化基因組，不知道能不能用這套流程
GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
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請問一下，無參的簡化基因組可以做這個分析嗎，沒有參考基因組，用的2b-RAD測的幾個群體的數(shù)據(jù)
PSMC分析有效群體大小（Ne）
1 軟件準備 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 數(shù)據(jù)準備 二倍體物種（該分析是結(jié)合雜合度來分析的）?。?Ref_genome.fa: 組裝...
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2021-11-26
# -*- coding: utf-8 -*- # callCodeML # Verson: 2.0 # Date: 2021.11.15 # This is used to...
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選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
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老師，為什么我調(diào)用這個腳本一直卡在 （| 0/10 [00:00<?, ?it/s]
2021-11-09 14:41:17 Staring ModelA null of OG0023126 ...）這樣的界面，終止后會生成一個基因的文件，但是里面的結(jié)果文件都是空的選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖
選擇壓力及基因在進化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認為，同義...
