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有相關性就有因果關系嗎，教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機化分析（mendelian randomization ）
流行病學研究常見的分析就是相關性分析了。 相關性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌癥相關，那么我們可以通過補充元素A來減少患癌率。這個結(jié)論的大前...
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如果要做外部驗證要怎么做呢？在別的數(shù)據(jù)集重新聚類然后看預后嗎？
實戰(zhàn)-TCGA數(shù)據(jù)的NMF聚類和可視化
0.NMF NMF是非負矩陣分解，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯。 代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....
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原理是不是最大約登指數(shù)？
【R】標注ROC曲線上最佳cutoff點
前面小編跟大家分享過 今天我們來聊一下怎么將這個最優(yōu)的cutoff值對應的點在ROC曲線上面標注出來。廢話不多說，直接上代碼 我們可以得到下面的圖
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@我們一起舔過鐵欄桿 謝謝老師
ssGSEA算法原理及應用TCGA數(shù)據(jù)
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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小潔老師請問這個是成熟體miRNA的下載方式嗎？
聽說你想要TCGA的新版miRNA表達數(shù)據(jù)
TCGA的下載方式更新了，miRNA也跟著動一下。 1.查看TCGA的33個癌種 2.下載數(shù)據(jù) 使用的是TCGAbiolinks里面的函數(shù)，受網(wǎng)絡限制，有可能下載不成功。 3...
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@我們一起舔過鐵欄桿 那請問怎么去識別這些基因的別稱呢？一個基因有好多別稱該怎么找呢？
ssGSEA算法原理及應用TCGA數(shù)據(jù)
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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一文理清常見的基因富集分析
前言 對于很多小伙伴來說，剛?cè)胧稚艜r接觸最多的就是差異分析，即在基因組層面可以算突變率差異，轉(zhuǎn)錄組層面可以算基因表達水平差異，表觀組可以觀察甲基化水平差異，蛋白質(zhì)組/代謝組...
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請問NMF聚類需要外部驗證嗎，要怎么做外部驗證呢？
實戰(zhàn)-TCGA數(shù)據(jù)的NMF聚類和可視化
0.NMF NMF是非負矩陣分解，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯。 代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....
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請問這個跟直接去MSigDB下載gmt文件有什么區(qū)別呢？
批量提取某通路基因并用于下游分析
前言：實驗中往往比較關注某一信號通路基因的表達變化，而通過文獻檢索或利用轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果篩選，往往信息不全，缺乏系統(tǒng)性，如何提取出重點關注的信號通路上所有基因的序列，并進行下游...
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如何用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量腫瘤浸潤免疫細胞有哪些方法可以用于評判腫瘤免疫浸潤 方法很多，這里先選個簡單一點MCPcounter，GEO和TCGA數(shù)據(jù)都可以分析，更重要的是因為包治百病=. = MCPcounter 加...
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R數(shù)據(jù)分析：tableone包的詳細使用介紹
tableone是幫助我們快速生成文章中table1表格的一個包，通常來說一篇SCI文章的第一個表都會給出樣本的基線情況。而tableone就是可以幫我們快速地匯總描述所有樣...
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19種回歸分析你知道幾種呢？只要學習過數(shù)據(jù)分析，或者對數(shù)據(jù)分析有一些簡單的了解，比如使用過SPSSAU、SPSS這些統(tǒng)計分析軟件，都知道有回歸分析。按照數(shù)學上的定義來看，回歸分析指研究一組隨機變量(Y1...
