MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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ReadAlignChunk_processChunks.cpp:177:processChunks
在運行STAR時，報錯如下：ReadAlignChunk_processChunks.cpp:177:processChunks EXITING because of FAT...
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如何用ENA下載GEO的原始數(shù)據(jù)ENA數(shù)據(jù)路徑下載 在GEO頁面找到BioProject或SRA的編號 SRA數(shù)據(jù)庫下載SRA文件還需要轉(zhuǎn)換，而ENA數(shù)據(jù)庫[https://www.ebi.ac.uk/en...
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文章中不同物種的基因和蛋白的標準命名及寫法小鼠標準命名：http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/gene.shtml[http://www.informatics.j...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)-更新
fastqc 0.12.1 [#Nextera Transposase Sequence & PolyG] ktrim 1.5.0 alignment rmdup
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兩個Bigwig文件相減
bigwigCompare --bigwig1 teatment_rep1.bw --bigwig2 control_rep1.bw --operation subtract...
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5. Peak 注釋
在之前通過macs2得到了差異peaks的數(shù)據(jù)，現(xiàn)在利用ChIPseeker包進行注釋。參考：CS2: BED文件[https://mp.weixin.qq.com/s?__...
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4.CUT&Tag 基礎(chǔ)分析&數(shù)據(jù)匯總2
需要文件：seacr/;bam/ 加載R包： 輸出文件:file1 = left_join(peakN, peakOverlap, by = c("Histone", "pe...
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3.CUT&Tag 基礎(chǔ)分析&數(shù)據(jù)匯總1
需要文件：bowtie2_summary/;bowtie2_summary/;fragmentLen/;binLen/ 加載R包： 設置路徑 輸出文件:file = left...
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2.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（2）
接上回[http://www.itdecent.cn/p/1d826a65fd59]，得到 bedgraph 文件了。重要秘籍: In-depth-NGS-Data-Ana...
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The index file is older than the data file:狀態(tài)已經(jīng)癲狂了。DiffBinddbObj <- dba.count(dbObj, bUseSummarizeOverlaps=TRUE)一直報錯： [W::hts_idx_...
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Warning message: incomplete final line found by readTableHeader
在讀取CSV文件時，報錯如下：> a <- read.csv('SampleSheet.csv',sep=",",header=T)Warning message:In re...
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R中如何讀取mac磁盤u盤路徑
想讀取在mac上的u盤中文件，但是找不到路徑。> setwd('UPan')Error in setwd("UPan") : 無法改變工作目錄 u盤磁盤是在Volumes/目...
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水平柱形圖和雙向柱形圖平常繪圖可以參考這里[https://r-graph-gallery.com/]。 使用barplot繪制水平柱形圖 一張水平柱形圖就畫好了！ 使用ggplot繪制雙向柱形圖...
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學習CUT&Tag數(shù)據(jù)分析，參考：protocol[https://w...
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將具有NA值的行刪除
fragCount1 <- fragCount[!(rowSums(is.na(fragCount))),]is.na()會導出TRUE,FALSE，rowSums會計算每行...
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Linux中awk提取列—split函數(shù)實例 Heatmap on CUT&Tag peaks, 這里要提取染色體編號，起始位置，終止位置。 先分割后提取（split函數(shù)）seacr.peaks.stringent...
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EndNote20怎么導入文獻信息？方法1. 通過PubMed下載文獻信息導入 找到剛剛我們下載好的pubmed-LMNA.txt文件，通過EndNote20方式打開。 這樣就導入好了一篇文獻的信息。 方法2....
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PS如何批量替換文字，批量生成圖片？首先需要創(chuàng)建一個txt文件，里面是將要替換的文字。（第一行可以隨便寫點，但是一定要寫，后面不會讀取第一行） 點擊需要替換文字的圖層 圖像——變量——定義... 勾選文本替換 ...