原理我們已經(jīng)在前文中討論過了，這次主要是代碼實(shí)戰(zhàn) 1. 定義一個(gè)數(shù)據(jù)集 2. PCA主函數(shù) 3. 選出值最高的兩個(gè)PC 我們?cè)赑CA原理部分已經(jīng)講過了，十個(gè)樣本，會(huì)產(chǎn)生10...
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用R做主成分分析（PCA）及基本參數(shù)的選擇 -
個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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箱子的寬度一般都是一樣的，使用width=控制的，箱的寬度不一樣，你是轉(zhuǎn)置了嗎
個(gè)人向ggplot2箱線圖總結(jié)
主要從如何看圖、用圖與作圖三個(gè)方面來對(duì)箱線圖進(jìn)行理解和總結(jié)。 1、看圖 如圖所示，箱線圖是將一組數(shù)據(jù)按照大小順序排列后進(jìn)行繪制的，包含6個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn)，分別表示出數(shù)據(jù)的上邊緣、上...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn)WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實(shí)踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出...
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WGCNA構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)詳細(xì)教程這篇文章更多的是對(duì)于混亂的中文資源的梳理，并補(bǔ)充了一些沒有提到的重要參數(shù)，希望大家不會(huì)踩坑。 1. 簡介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expr...
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geom_boxplot(size= )
個(gè)人向ggplot2箱線圖總結(jié)
主要從如何看圖、用圖與作圖三個(gè)方面來對(duì)箱線圖進(jìn)行理解和總結(jié)。 1、看圖 如圖所示，箱線圖是將一組數(shù)據(jù)按照大小順序排列后進(jìn)行繪制的，包含6個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn)，分別表示出數(shù)據(jù)的上邊緣、上...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細(xì)過程
RNA-seq分析簡潔版[http://www.itdecent.cn/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://www.ncbi.nlm.ni...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí) 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個(gè)Python下和Canop...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個(gè)R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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淺探富集分析中的超幾何分布當(dāng)我們從測序數(shù)據(jù)中得到了一系列的基因后，我們需要研究這些基因都屬于那些通路，那些通路是跟我們研究課題相關(guān)的。為了解決這一問題，最常用的做法就是做通路注釋然后做通路富集分析，看...
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安裝clusterProfiler包
在R-3.4.3版本中，這次重新安裝總是報(bào)錯(cuò)： 其實(shí)之前是真的已經(jīng)載入了的，目前也不知道什么原因。 由于get了新技能，發(fā)現(xiàn)Rstudio中可以切換新舊版本，切換版本后要退出...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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升級(jí)R版本及安裝包前言：主要?dú)w納R版本升級(jí)策略，筆者只應(yīng)用了策略2，其他參考自網(wǎng)絡(luò)資料和同行經(jīng)驗(yàn) 1. 傳統(tǒng)R版本升級(jí)： 參考資料：https://www.cnblogs.com/Accept...
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R語言富集分析clusterProfiler
介紹 y叔的包，支持GO,KEGG,GSEA等富集分析。同時(shí)還整合了gene id轉(zhuǎn)換，富集結(jié)果可視化等等功能。 代碼 首先當(dāng)我們通過差異基因或者其他方式獲得一個(gè)基因子集之后...
