山東第一醫(yī)科大學(xué)， 青年教師一枚，三代測(cè)序技術(shù)愛(ài)好者。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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空間轉(zhuǎn)錄組10X Visium HD上游-spaceranger記錄10x Visium HD 空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的定量過(guò)程，使用工具是10x官方發(fā)布的spaceranger軟件原理見(jiàn)官網(wǎng)，這里只記錄操作層面的流程 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備： fq文件 組織圖像信...
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2020-07-21 下載dbgap數(shù)據(jù)今天把官網(wǎng)流程全部看了一遍按照這樣操作了，看了一下數(shù)據(jù)正在下載，明天看一下有沒(méi)有報(bào)錯(cuò)產(chǎn)生，不知道會(huì)有啥問(wèn)題等待解決。 Source：https://www.ncbi.nlm....
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在R語(yǔ)言中如何將ENSEMBL ID轉(zhuǎn)換成Gene ID或者Symbolrm(list=ls())my_data <- read.csv("expr_counts.csv")library('tidyr')library('rtracklayer...
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差異表達(dá)3｜MaGeck
MaGeck MaGeck是對(duì)CRISPR screen結(jié)果進(jìn)行篩選的軟件，差異表達(dá)的對(duì)象是sgRNA，再對(duì)不同sgRNA的結(jié)果進(jìn)行整合，得到差異基因。 1. median-...
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eQTL就那樣～（1）前言 我還未想到這個(gè)專(zhuān)題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 我們先來(lái)個(gè)斗雞眼，看著一下中間的QT。 1.什么是數(shù)量性狀？（quantitative trait，QT）...
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2019-02-23 QTL（轉(zhuǎn)自知乎）作者：Philip Yang 鏈接：https://www.zhihu.com/question/27695566/answer/40741777 來(lái)源：知乎 著作權(quán)歸作者所...
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Dapars2 分析可變多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）與腫瘤
越來(lái)越懶了，不想寫(xiě)記錄呀！算了，強(qiáng)迫自己一把！ 水平有限，若有錯(cuò)誤，懇請(qǐng)指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工過(guò)程中的精細(xì)調(diào)控對(duì)基因的表達(dá)具有重...
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DaPars——APA分析3’UTR
Backgroud APA（alternative polyadenylation）在大多數(shù)人類(lèi)基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。通過(guò)使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
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比對(duì)軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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RSEM進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量利用STAR完成了reads的比對(duì)，接下來(lái)使用rsem進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量。 Build References ?--gtf mouse_ref/gencode.vM25.anno...
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二、數(shù)據(jù)下載1.準(zhǔn)備工作 工作目錄管理 詳細(xì)命令 2.數(shù)據(jù)下載 第一步 在文章中找到GSE編號(hào) → 在GEO頁(yè)面的accession搜索GSE編號(hào) → 在結(jié)果頁(yè)面尋找 BioPro...
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基礎(chǔ)——illumina測(cè)序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測(cè)序的數(shù)據(jù)，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測(cè)序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測(cè)序（sequencin...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘基本流程與代碼
寫(xiě)在前面：本文內(nèi)容出自生信技能樹(shù)的生信入門(mén)系列課程筆記，感謝小潔老師、Jimmy老師的分享。 GEO數(shù)據(jù)挖掘分析思路：1.找數(shù)據(jù)，找到GSE編號(hào)2.下載數(shù)據(jù)（表達(dá)矩陣、臨床信...
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在火山圖上標(biāo)記基因要玩圖，離不開(kāi)哈德雷大神的《R數(shù)據(jù)科學(xué)》，第1章和21章是專(zhuān)門(mén)講圖的，我寫(xiě)過(guò)對(duì)應(yīng)的筆記：http://www.itdecent.cn/p/4a154f6f0de7https...
