您好！有同樣的問題，請問您解決了嗎？
《BSA》-生信筆記---003背景介紹 一、什么是BSA? BSA（Bulked Segregant Analysis）---混合分組分析法 >根據(jù)目標(biāo)性狀表現(xiàn)型，對表型分離群體中的個體/株系依據(jù)目標(biāo)性狀...
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您好！請問bwa比對后不需要去除PCR重復(fù)嗎？謝謝！
環(huán)狀DNA (eccDNA)分析學(xué)習(xí)筆記
最近在學(xué)習(xí)當(dāng)下很火的環(huán)狀DNA（eccDNA）的建庫技術(shù)以及生信分析，特此記錄。 No.1 去低質(zhì)量&去接頭 這一步需要注意的是低質(zhì)量堿基的quality cutoff, 2...
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請問鑒定到一些tagSNP后，一般用于后續(xù)的什么操作呢？這個和leadSNP又是不同的概念，在plink.tag.list文件中的這個區(qū)間是什么意義呀，可以理解為LD block嗎？小白，問題可能有點(diǎn)奇怪，非常感謝！
Plink提取tagSNPs
Plink提取tagSNPs 1）識別haplotype block 在提取tagSNPs之前需要先識別haplotype block，這一步的代碼很多教程里都給了出來： p...
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群體遺傳 || Pophelper-群體結(jié)構(gòu)可視化學(xué)習(xí)
Pophelper基本說明 群體遺傳下游分析中的一項(xiàng)常規(guī)分析即是群體結(jié)構(gòu)的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系統(tǒng)樹和PCA，群體結(jié)構(gòu)分層可以分?jǐn)喑鲂∪后w...
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感謝樓主分享！請問樓主為什么.Q文件的最后一列要去掉呀？第一次做GWAS分析，好多都不懂。。。我跑完MLM后所有位點(diǎn)的p值都大于0.01，不知道什么原因。
跑通GWAS，用這些腳本就夠了
最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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Week4— chromVAR:預(yù)測染色質(zhì)可及性相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associated accessibil...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)七（差異基因分析）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對與samtoo...
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轉(zhuǎn)錄因子富集分析轉(zhuǎn)錄因子富集分析 轉(zhuǎn)錄因子因子富集分析背后的原理與GO，KEGG等富集分析是一樣的。 這里還是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我們要知道哪些基因是轉(zhuǎn)錄...
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將12文件合并為3后，兩個物種名間以TAB鍵分開，更改為空格
批量對文件進(jìn)行操作
從miRNA網(wǎng)站ftp網(wǎng)址批量下載數(shù)據(jù)，整站抓取： 對下載的數(shù)據(jù)進(jìn)行批量操作 數(shù)據(jù)的格式 每個物種為一個文件夾，每個文件夾下包括此物種所有類型的數(shù)據(jù)：image.png 對各...
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基因組和轉(zhuǎn)錄組組裝質(zhì)量評估利器BUSCO（以大腸桿菌基因組質(zhì)量評估為例）基因組和轉(zhuǎn)錄組組裝質(zhì)量評估利器——BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs） 一，BUSCO簡介 該軟件利用Ort...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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批量對文件進(jìn)行操作
從miRNA網(wǎng)站ftp網(wǎng)址批量下載數(shù)據(jù)，整站抓?。?對下載的數(shù)據(jù)進(jìn)行批量操作 數(shù)據(jù)的格式 每個物種為一個文件夾，每個文件夾下包括此物種所有類型的數(shù)據(jù)：image.png 對各...
