今天的推文繼續(xù)重復論文中的原圖 在簡書 土豆學生信 分享的內容看到這篇論文 簡書的鏈接是 http://www.itdecent.cn/p/bbf9cb13b41a[htt...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
-
跟著Nature Methods學畫圖：R語言ggplot2畫氣泡圖（dotplot）展示基因表達量 -
Juicer: 輔助基因組組裝
Juicer: 輔助基因組組裝 導讀 本文主要對處理HiC數據的Juicer程序進行一個簡短的介紹，并展示如何利用Juicer進行基因組組裝中染色體掛載的第一步。 1. 介紹...
-
LASTZ說明文檔（一）LASTZ說明文檔(v1.04.15, Aug27 2021 build)本文參考自LASTZ發(fā)行版[http://www.bx.psu.edu/~rsharris/last...
-
ANOVA test內容 ANOVA 定義 使用ANOVA目的 三種常見的ANOVA R中應用ANOVA ANOVA 定義Analysis of variance縮寫成為ANOVA。中文叫做，變...
-
隨筆 | 近日二三樂事初建辦公環(huán)境 去年寒假，基本每個星期都在貴廣飛來飛去。到貴陽時，除了帶娃，還是要搞一些工作。一直用筆記本遠程辦公，多少還是不太方便，尤其是筆記本用著用著會發(fā)燙，似乎有點對不起...
-
ShortStack的安裝與運行安裝 ShortStack依賴的軟件包括perl、samtools、bowtie、bowtie-build、gzip、RNAfold，檢查了一下，服務器中都符合要求，不需要額...
-
[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可視化1、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
-
[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析1、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
-
Flask數據模型：使用flask-sqlalchemy操作數據庫摘要：Flask，flask-sqlalchemy flask-sqlalchemy概述 SQLAlchemy是一個基于Python實現(xiàn)的ORM（對象關系映射）框架，使用關系...
-
HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對 unique mapping reads
把read比對到基因組之后，需要提取唯一比對來進行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對的命令，所以需要對比對結果sam文件進行提取，可以通過sam...
-
關于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進行SNP過濾
前言 很多關注我這個專題的朋友都在后臺留言，說想了解更多關于SNP過濾的東西。是的，確實這是一個比較重要的問題。第一，過濾到一些低質量的SNP可以防止calling一些假陽性...
-
不再更新
-
R 數據可視化 —— circlize chordDiagram 高級用法前言 默認風格的 chordDiagram() 已經可以滿足大部分需求了，下面我們介紹一些更高級別的圖形配置 使用 1. 軌跡的排布 chordDiagram() 函數默認會...
-
deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數據，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
-
經典機器學習算法的極簡實現(xiàn)（Python+NumPy）大三的時候曾花兩個星期學習了幾個經典的機器學習算法，學習方法主要是白天參考《統(tǒng)計學習方法》推導公式，晚上利用公式編寫實現(xiàn)。在參考GitHub上算法實現(xiàn)時，我發(fā)現(xiàn)其中大多數都比...
-
BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
-
