輸入文件有：物種基因組序列文件、物種基因組注釋文件、轉錄本比對后的BAM文件；以斑胸草雀為例：-基因組注釋文件: GCF_003957565.2...
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IGV基因組瀏覽器打開BAM文件查看reads比對情況 -
GWAS+自然選擇：62個樣本的GWAS分析，沒信號，如何巧妙的發(fā)文章
歡迎來到"bio生物信息"的世界 6天前，BMC Genomics 推了一篇文獻“Population history and genetic ...
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2021-10-18【文獻】全基因組關聯(lián)研究顯示葡萄糖基轉移酶OsIAGLU調(diào)節(jié)水稻根系生長Title: A genome-wide association study reveals that the glucosyltransfer...
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單倍型分析一、什么是單倍型？ 在單倍型分析前，首先需要明白什么是單倍型、什么是基因單倍型？ 一般來講，所謂的單倍型是指同一染色體上不同變異位點的各種線性組...
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【動植物研究動態(tài)】20220320文獻解讀
Nature Genetics | 抗條銹病小麥品種Kariega基因組組裝與抗病基因Yr27挖掘[https://mp.weixin.qq.c...
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【基因組學】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結果寫在前面IGV能夠將基因組的變異情況可視化，因此廣泛應用于基因組學的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異...
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bcftools 處理vcf文件，尋找多個vcf文件中突變的交集
目標 通過varscan等找到somatic mutations之后，想看多個樣本的突變之間的交集。bcftools是用來處理vcf文件，可以進...
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GWAS全基因組關聯(lián)分析全流程
拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一...
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PAML: 進化分歧時間估計看到一個可進行物種分歧時間估計的方法，是PAML中的一個子程序mcmctree。在此記錄。 標題：PAML 4: phylogenetic an...
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群體進化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中...
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