博士課題換到了腫瘤免疫相關(guān)方向，涉及到T細(xì)胞培養(yǎng)的問題，簡(jiǎn)單查了下發(fā)現(xiàn)用的培養(yǎng)基五花八門，用實(shí)驗(yàn)室級(jí)別的也有工業(yè)GMP生產(chǎn)用的培養(yǎng)基，一時(shí)不知如何下手。查找了幾篇文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)實(shí)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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T細(xì)胞培養(yǎng)基選擇 -
請(qǐng)問下這里去雙胞，是把多個(gè)數(shù)據(jù)集merge到一起當(dāng)作一個(gè)數(shù)據(jù)集來進(jìn)行去雙胞流程嗎？我看有人將雙胞必須單個(gè)數(shù)據(jù)集去除后才能整合。作者您有什么見解嗎？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@心有靈犀_dc5f 看報(bào)錯(cuò)應(yīng)該是數(shù)據(jù)格式的問題，數(shù)據(jù)得是S4格式的對(duì)象
基因集富集分析(GSEA)及其可視化
1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析1. 數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 2.預(yù)測(cè)細(xì)胞通信 在比較多種生物條件下的細(xì)胞-細(xì)胞通信時(shí)，可以得知細(xì)胞通信是否增強(qiáng)；細(xì)胞類型顯著變化之間的相互作用；不同條件下，source和target的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析1.CellChat對(duì)象的創(chuàng)建、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5%BB%BA%E5%A4%84...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析課程筆記施工中。。。。。 1.SCENIC簡(jiǎn)介 目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對(duì)于多樣本合并分析，很多情況下會(huì)出現(xiàn)難以解決的批...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之?dāng)M時(shí)序分析1.數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1選擇想要進(jìn)行時(shí)間軌跡分析的seurat亞群,，并將亞群提取出來 1.2 創(chuàng)建CellDataSet對(duì)象及monocle標(biāo)準(zhǔn)流程 詳見此鏈接：https:...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之monocle標(biāo)準(zhǔn)流程及不同包間對(duì)象轉(zhuǎn)換1.利用已有的Seurat對(duì)象轉(zhuǎn)換為CellDataSet對(duì)象 加載之前seutat標(biāo)準(zhǔn)流程跑完的數(shù)據(jù)，如果沒有可以走一遍流程，教程點(diǎn)我[https://www.jiansh...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小技巧1 亞群合并 當(dāng)有幾類亞群同屬于某類細(xì)胞時(shí)，比如CD4+ T細(xì)胞和CD8+ T細(xì)胞均屬于T細(xì)胞，想要將他們合并在一起時(shí)，可以使用此代碼。 推薦使用第二種方法，這樣不更改原始亞...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Seurat包全流程-數(shù)據(jù)過濾、降維分群及可視化1.Seurat包的安裝及數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1 加載需要的包和數(shù)據(jù) 1.2 創(chuàng)建Seurat對(duì)象 對(duì)于之前從CellRanger得到的比對(duì)結(jié)果，讀取sample/outs/fi...
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ELISA簡(jiǎn)介及基于夾心法的PK方法學(xué)開發(fā)實(shí)例ELISA(酶聯(lián)免疫吸附反應(yīng))指將可溶性的抗原或抗體吸附到聚苯乙烯等固相載體上，進(jìn)行免疫反應(yīng)的定性和定量方法。 ELISA在抗體藥物研發(fā)的各個(gè)環(huán)節(jié)有著廣泛的應(yīng)用，從應(yīng)用目的來...
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周運(yùn)來，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫[https://tr...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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cytoscape及APP(插件)使用手冊(cè)
寫在前面： 對(duì)于我們大多數(shù)來說，用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題，更容易讓人理解，并且可以賞心悅目。細(xì)胞內(nèi)部，大量的分子時(shí)刻都在發(fā)生著變化或相互作用。對(duì)于我們來說，了解這...
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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