無意中發(fā)現(xiàn)一篇純生信文章，雖然發(fā)表在神刊Medcine，但還是有一定參考價(jià)值的。

PMID: 33879726

知識(shí)點(diǎn)

• ECM: extracellular matrix, 細(xì)胞外基質(zhì)，作者整理了2個(gè)ECM相關(guān)基因集，KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION和KEGG FOCAL ADHESION
• Cistrome Center: 由哈佛大學(xué)劉小樂團(tuán)隊(duì)開發(fā)，旨在明晰transcription factors (TFs)的作用。
• STRING:用于構(gòu)建蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（protein-protein interaction, PPI）.
• DAVID: 差異基因進(jìn)行富集分析，類似好用的網(wǎng)站有Enrichr.
• GSEA富集分析，結(jié)果篩選條件NOM P value <.05 and an FDR Q value of <0.25

整體思路

提取ECM相關(guān)基因，差異分析，構(gòu)建TF-DEG互作網(wǎng)絡(luò)；針對差異基因進(jìn)行Unicox和Lasso回歸，構(gòu)建預(yù)后模型，隨后用CGGA數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證，并針對預(yù)后模型進(jìn)行周邊分析（GSEA、免疫細(xì)胞浸潤、免疫檢查點(diǎn)(PD1, PDL1, LAG3, HAVCR2, BTLA, CTLA4)）。

結(jié)果

1.差異分析

對ECM和轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行差異分析，并構(gòu)建TF-DEGs和DEGs互作網(wǎng)絡(luò)。

Fig.1

Fig.2

2.基因篩選→模型構(gòu)建→驗(yàn)證

Fig.3

Fig.4

Fig.5

3.模型周邊分析

根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評分，分為高低兩組，評價(jià)免疫細(xì)胞浸潤及與免疫檢查點(diǎn)的關(guān)系。

Fig.6

最后進(jìn)行GSEA富集分析。

總結(jié)

本文依據(jù)ECM相關(guān)基因構(gòu)建模型，并進(jìn)行驗(yàn)證，整體思路形成一個(gè)閉環(huán)，不過感覺有點(diǎn)太干，可以再加些其他內(nèi)容，比如a.選擇ECM相關(guān)基因的原因；b.模型構(gòu)建基因（突變、CNV、甲基化，與TNM關(guān)系，CCLE+HPA+CPTAC）; c.模型周邊（TMB,ESTIMATE, mRNAsi, CNV, ATAC-seq, 藥物反應(yīng)，免疫治療反應(yīng)等）。
參考鏈接：
Identification and validation of a risk signature based on extracellular matrix-related genes in gliomas