@e0cb837cd5b9 為什么我跑多樣本顯示沒(méi)有這個(gè)文件
scCancer包：自動(dòng)分析腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組利器scCancer包是2020年 清華大學(xué)Jin Gu團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的一個(gè)專(zhuān)門(mén)用于分析腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的工具包。它集成了單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的基本流程(Seurat)，增添若干適合腫瘤數(shù)據(jù)...
今天給大家介紹一款R包：TCGAExpression, 可以檢索基因在33種腫瘤組織 vs 正常組織中表達(dá)。顧名思義，這個(gè)包功能實(shí)現(xiàn)是基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)。 包的安裝與加載 通...
摘錄 腫瘤的免疫療法是即手術(shù)，放療，化療等傳統(tǒng)治療手段之后興起的一種新型的治療手段，以PD-1/PD-L1抗體為代表的免疫檢查點(diǎn)抑制劑在黑色素瘤，非小細(xì)胞肺癌等實(shí)體瘤的臨床治...
使用Rstudio創(chuàng)建R包：http://www.itdecent.cn/p/c0216f42edc5[http://www.itdecent.cn/p/c0216f42...
鏈接：http://genek.tv/，本文是該課程的學(xué)習(xí)記錄。 1.共表達(dá) 兩條基因的表達(dá)模式相似，即在某些樣本中兩條基因表達(dá)量都高，某些樣品中表達(dá)量都低。 用相關(guān)性系數(shù)r...
花花寫(xiě)于2020.6.2諾模圖出鏡率很高，用于多因素cox或logstic模型的可視化展示。 0.輸入數(shù)據(jù) 需要病人臨床信息和生存信息表格，如下 1.簡(jiǎn)約諾模圖 使用rms包...
說(shuō)來(lái)慚愧，跟師姐聊天的時(shí)候，我按照傳統(tǒng)的生信思路把臨床特征做風(fēng)險(xiǎn)打分，然后定義高低風(fēng)險(xiǎn)打分，接著就是標(biāo)準(zhǔn)的生存圖、森林圖了。在做到森林圖的時(shí)候，忽然被問(wèn)到，單因素與多因素的區(qū)...
劃重點(diǎn)啦！接下來(lái)主要講解的是：患者生存狀態(tài)的影響因素分析！ 00前言： 大家好， 我們是科研風(fēng)雨路，點(diǎn)擊右上方“關(guān)注”，每天為你分享一些科研知識(shí)，共同進(jìn)步。劃重點(diǎn)啦！接下來(lái)主...
測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
本文轉(zhuǎn)自易學(xué)統(tǒng)計(jì)基于Lasso回歸篩選變量構(gòu)建Cox模型并繪制Nomogram[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4MjgyODQzNw...
TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測(cè)-cox回歸 - 簡(jiǎn)書(shū)...
R實(shí)戰(zhàn)|Nomogram(諾莫圖/列線圖)及其Calibration校準(zhǔn)曲線繪制 Nomogram，中文常稱(chēng)為諾莫圖或者列線圖。簡(jiǎn)單的說(shuō)是將Logistic回歸或Cox回歸的...
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是腫瘤樣本表達(dá)矩陣exprSet、臨床信息meta 2.構(gòu)建隨機(jī)森林模型 輸入數(shù)據(jù)是表達(dá)矩陣(僅含tumor樣本)和對(duì)應(yīng)的生死。 3.模型預(yù)測(cè)和評(píng)估...
致知 2019-10-06一起為你的基因找個(gè)朋友吧~ 上一次學(xué)習(xí)WGCNA還是7月份做小組作業(yè)的時(shí)候，本來(lái)想做WGCNA，但是當(dāng)時(shí)各方面沒(méi)有入門(mén)，理解不了這個(gè)是個(gè)啥東西，最后...
