@e0cb837cd5b9 為什么我跑多樣本顯示沒有這個文件
scCancer包：自動分析腫瘤單細胞轉(zhuǎn)錄組利器scCancer包是2020年 清華大學Jin Gu團隊開發(fā)的一個專門用于分析腫瘤單細胞轉(zhuǎn)錄組的工具包。它集成了單細胞數(shù)據(jù)分析的基本流程(Seurat)，增添若干適合腫瘤數(shù)據(jù)...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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基因在腫瘤與正常組織中的表達（TCGA）今天給大家介紹一款R包：TCGAExpression, 可以檢索基因在33種腫瘤組織 vs 正常組織中表達。顧名思義，這個包功能實現(xiàn)是基于TCGA數(shù)據(jù)庫。 包的安裝與加載 通...
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TMB:腫瘤突變負荷簡介
摘錄 腫瘤的免疫療法是即手術(shù)，放療，化療等傳統(tǒng)治療手段之后興起的一種新型的治療手段，以PD-1/PD-L1抗體為代表的免疫檢查點抑制劑在黑色素瘤，非小細胞肺癌等實體瘤的臨床治...
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編程筆記3-Rstudio編寫R包并上傳github
使用Rstudio創(chuàng)建R包：http://www.itdecent.cn/p/c0216f42edc5[http://www.itdecent.cn/p/c0216f42...
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WGCNA（二）WGCNA的步驟和原理鏈接：http://genek.tv/，本文是該課程的學習記錄。 1.共表達 兩條基因的表達模式相似，即在某些樣本中兩條基因表達量都高，某些樣品中表達量都低。 用相關(guān)性系數(shù)r...
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用諾模圖可視化你的模型花花寫于2020.6.2諾模圖出鏡率很高，用于多因素cox或logstic模型的可視化展示。 0.輸入數(shù)據(jù) 需要病人臨床信息和生存信息表格，如下 1.簡約諾模圖 使用rms包...
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單因素與多因素cox分析區(qū)別
說來慚愧，跟師姐聊天的時候，我按照傳統(tǒng)的生信思路把臨床特征做風險打分，然后定義高低風險打分，接著就是標準的生存圖、森林圖了。在做到森林圖的時候，忽然被問到，單因素與多因素的區(qū)...
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劃重點啦！接下來主要講解的是：患者生存狀態(tài)的影響因素分析！
劃重點啦！接下來主要講解的是：患者生存狀態(tài)的影響因素分析！ 00前言： 大家好， 我們是科研風雨路，點擊右上方“關(guān)注”，每天為你分享一些科研知識，共同進步。劃重點啦！接下來主...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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基于Lasso回歸篩選變量構(gòu)建Cox模型并繪制Nomogram本文轉(zhuǎn)自易學統(tǒng)計基于Lasso回歸篩選變量構(gòu)建Cox模型并繪制Nomogram[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4MjgyODQzNw...
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TCGA學習04：建模預測-lasso回歸TCGA學習01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 TCGA學習02：差異分析 - 簡書 TCGA學習03：生存分析 - 簡書 TCGA學習04：建模預測-cox回歸 - 簡書...
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R實戰(zhàn)|Nomogram(諾莫圖/列線圖)及其Calibration校準曲線繪制R實戰(zhàn)|Nomogram(諾莫圖/列線圖)及其Calibration校準曲線繪制 Nomogram，中文常稱為諾莫圖或者列線圖。簡單的說是將Logistic回歸或Cox回歸的...
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跟著大神學習WGCNA分析——WGCNA是干嘛的？致知 2019-10-06一起為你的基因找個朋友吧~ 上一次學習WGCNA還是7月份做小組作業(yè)的時候，本來想做WGCNA，但是當時各方面沒有入門，理解不了這個是個啥東西，最后...
