以下內(nèi)容非原創(chuàng)， 根據(jù)Sam Houston State University 的 Christopher Randle教授來(lái)組上交流時(shí)的材料翻譯。本人翻譯和學(xué)術(shù)能力有限，僅...
IP屬地：江蘇
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貝葉斯法進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析（1）貝葉斯思想 -
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Mrbayes構(gòu)建貝葉斯樹(shù)復(fù)習(xí)
最近又重新構(gòu)建多片段的貝葉斯樹(shù)，對(duì)這些參數(shù)又有了新的理解，在此記錄，以備查詢。 多線程安裝 以前倒是寫(xiě)過(guò)多線程的安裝，不過(guò)都比較繁瑣，參考貝葉斯法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)：MrBayes ...
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種菜小王，常做實(shí)驗(yàn)，生信小白
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
寫(xiě)在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了。不過(guò)我一直并沒(méi)有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹(shù)的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
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raxml-ng modeltest-ng iqtree2網(wǎng)站們
http://blog.sciencenet.cn/blog-3459184-1276536.html（軟件說(shuō)明匯總整理） RAxML-NG tutorial (isu-mo...
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萬(wàn)千果醬，只取一勺
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生信轉(zhuǎn)錄組分析
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歡迎大家分享自己在完成生信技能樹(shù)linux作業(yè)時(shí)的筆記心得 。 生信人的 linux 20題 <http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 處理 fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF等**格式（約定成俗，大牛推廣）**的數(shù)據(jù) fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3575.html sam和bam格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3578.html VCF格式文件的shell小練習(xí) http://www.bio-info-trainee.com/3577.html
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R語(yǔ)言做生信，包括數(shù)據(jù)可視化、數(shù)據(jù)分析，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換等。
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專題，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了。望見(jiàn)諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來(lái)～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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歡迎大家分享自己在完成生信技能樹(shù)R語(yǔ)言作業(yè)時(shí)的筆記心得 初級(jí)10 個(gè)題目：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html 中級(jí)要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html 高級(jí)要求是完成20題： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html
