生信新手一枚 文章大部分是學(xué)習(xí)生信技能樹的筆記 也會不斷記錄自己學(xué)習(xí)路上的收獲和問題~~
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無生物學(xué)重復(fù)的差異分析—Gfold一、安裝gfold Gfold軟件是做沒有生物學(xué)重復(fù)樣本首選的軟件https://zhanglab.#edu.cn/softwares/GFOLD/index.h...
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中農(nóng)在讀博士，歡迎關(guān)注個人公號【BioparaMeta】一起學(xué)習(xí)、交流
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沒有生物學(xué)重復(fù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么進行差異分析？設(shè)置生物學(xué)重復(fù)這個環(huán)節(jié)也是你實驗設(shè)計很重要的一part，設(shè)置的好對你下游分析也有利，通常我們做轉(zhuǎn)錄組測序，需要的樣本量每組至少為3個生物學(xué)重復(fù)，這個處理起來就很合理，并且現(xiàn)在...
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FPKM數(shù)據(jù)下游分析
前面分享了FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析？后來看了一下別人分享的例子，應(yīng)該把FPKM轉(zhuǎn)換為TPM后再進行分析。為什么說FPKM和RPKM都錯了？簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM...
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終止釋放-20210320 - Free！公益釋放 | 任何人都能分析 RNAseq 原始數(shù)據(jù)了，只要你用 TBtools ！寫在前面 六年前，我著實開發(fā) TBtools 的主要目的之一，即“減輕科研人員數(shù)據(jù)分析負擔(dān)”，而后慢慢變化成現(xiàn)在的“降低甚至拆除部分生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析門檻”?；谶@三五年的觀...
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R語言獲取數(shù)據(jù)3：導(dǎo)入Excel文件
工作中做數(shù)據(jù)分析的時候，偶爾會需要將一些 Excel 文件導(dǎo)入到R中使用，每次都轉(zhuǎn)換成 csv 文件也不現(xiàn)實，而且不管是保存成 csv 還是 txt 文件，都只能保存當(dāng)前活動...
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生信分析學(xué)習(xí)筆記 - RNAseq （三） FastQC評估聲明：本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡(luò)。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記，不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理，序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
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科研小白，努力搞科研，發(fā)文章中。這個平臺算是我的學(xué)習(xí)筆記吧！
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RNASEQ（二）: PCA主成分分析對RNAsq的read count數(shù)據(jù)進行PCA分析 目的：PCA分析可以得到樣本之間的相關(guān)性和離散程度。 內(nèi)容：1 . 基因表達量數(shù)據(jù)進行標(biāo)準(zhǔn)化，用tpm和fpkm兩種方法...
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零代碼學(xué)生信第九天-差異分析的可視化有哪些？前面學(xué)習(xí)怎么做差異分析，差異分析的R包是需要根據(jù)數(shù)據(jù)進行選擇的，前面我們提到了芯片數(shù)據(jù)一般用limma包做差異，高通量的二代測序如果是count數(shù)據(jù)（全是整數(shù)），可以選擇使用...
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基因編輯改造的NK-92細胞功能變得如此強大！自然殺傷（NK）細胞由獨特的先天淋巴樣細胞群組成，具有多種細胞毒性機制和通過細胞因子調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)的能力，在抗癌免疫中扮演著關(guān)鍵角色[1]。在過去的五十年中，NK細胞的重要性和...
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完整轉(zhuǎn)錄組RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）前一段時間跟著孟浩巍大神的視頻學(xué)習(xí)，在自己的小破筆記本上還是跑完了整個RNAseq差異表達的分析流程（ tophat2 + cufflink + cuffdiff ）雖然這個...
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濕實驗傷手，干實驗傷腦，干濕結(jié)合可能會更好。
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RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析這個推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號： RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻標(biāo)題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
