起因：最近有個(gè)問(wèn)題樣本，跑完cellranger，樣本的cellranger結(jié)果如下，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中，線(xiàn)粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高，用scDb...
IP屬地：山東
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder -
scDblFinder: detect doublet
https://github.com/plger/scDblFinder[https://github.com/plger/scDblFinder] require(zell...
-
scdbfinder 支持seurat V5嗎。v5新增加了格式變化
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細(xì)胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)
雙細(xì)胞是指由于實(shí)驗(yàn)原因，在單細(xì)胞微流控等流程中某個(gè)液滴中含有2個(gè)及以上的細(xì)胞，而在同一個(gè)液滴中的細(xì)胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode，從而會(huì)被認(rèn)為是一個(gè)細(xì)胞的偽...
-
scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細(xì)胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)雙細(xì)胞是指由于實(shí)驗(yàn)原因，在單細(xì)胞微流控等流程中某個(gè)液滴中含有2個(gè)及以上的細(xì)胞，而在同一個(gè)液滴中的細(xì)胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode，從而會(huì)被認(rèn)為是一個(gè)細(xì)胞的偽...
