起因:最近有個問題樣本,跑完cellranger,樣本的cellranger結(jié)果如下,細胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中,線粒體基因占比和雙細胞率均很高,用scDb...
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起因:最近有個問題樣本,跑完cellranger,樣本的cellranger結(jié)果如下,細胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中,線粒體基因占比和雙細胞率均很高,用scDb...
https://github.com/plger/scDblFinder[https://github.com/plger/scDblFinder] require(zell...
scdbfinder 支持seurat V5嗎。v5新增加了格式變化
單細胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細胞去除(DoubletFinder, scDblFinder)雙細胞是指由于實驗原因,在單細胞微流控等流程中某個液滴中含有2個及以上的細胞,而在同一個液滴中的細胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode,從而會被認為是一個細胞的偽...
10x平臺的雙細胞率(符合泊松分布1): 根據(jù)Poisson分布,單個液滴包含超過一個細胞(doublets或multiplets)的頻率隨著上機細胞的濃度而改變。通常如果上...
雙細胞是指由于實驗原因,在單細胞微流控等流程中某個液滴中含有2個及以上的細胞,而在同一個液滴中的細胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode,從而會被認為是一個細胞的偽...