導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點：多表型同時分析，矯正協(xié)變量數(shù)據(jù)輸...
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16S測序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌 -
生信分析：兩條件時間序列轉(zhuǎn)錄組的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)前一篇推送為大家解讀了2019年發(fā)表的PNAS文章，介紹了如何利用兩組時間序列轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建特定的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)以及利用這個網(wǎng)絡(luò)可以得到哪些信息。 這一期推送聚焦于具體的分析...
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文獻(xiàn)解讀：兩條件時間序列轉(zhuǎn)錄組的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn) 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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單細(xì)胞加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析scWGCNA-01scWGCNA是一個生物信息學(xué)工作流程，是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork...
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單細(xì)胞差異基因展示圖最近看到一個公眾號，分享了一個圖片，公眾號的名字為西紅柿的空間轉(zhuǎn)錄組，代碼均來著這個公眾號，廢話不多說，先看看圖長什么樣 直接上代碼 加載數(shù)據(jù)與包 再看一下圖片，我們要構(gòu)建一...
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單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之11---SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析，很多情況下會出現(xiàn)難以解決的批次效應(yīng)，例如：有些癌癥多樣本的聚類結(jié)果大多每個樣...
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用隨機森林算法進(jìn)一步篩選差異表達(dá)基因前言 很多時候，我們分析完差異表達(dá)基因后，發(fā)現(xiàn)會得到一大堆差異基因，常見的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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不常上線，有事可以找@547的小書童呀
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【轉(zhuǎn)】隨機森林（Random Forest）作者：Poll的筆記博客：http://www.cnblogs.com/maybe2030/p/4585705.html 1、什么是隨機森林 作為新興起的、高度靈活的一種機器...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一、 簡述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
