生信小白一枚，我不是牛人，我只是一頭開荒牛，希望大家能在我的學(xué)習(xí)基礎(chǔ)上更進一步，共同提高！
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2萬個基因的生存分析一、生存分析R語言基礎(chǔ) 我們將使用兩個R包：survival 用于計算存活分析survminer 用于總結(jié)和可視化生存分析結(jié)果 結(jié)果展示： 二、2萬個基因的身存分析（循環(huán)）
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survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸（二）上一篇關(guān)注單因素多因素cox模型的構(gòu)建并在lung數(shù)據(jù)集中進行了實戰(zhàn)survival包學(xué)習(xí)筆記——cox回歸（一） - 簡書 (jianshu.com)[https://ww...
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如何利用cytoscape畫ceRNA互作網(wǎng)絡(luò)圖？說起互作網(wǎng)絡(luò)圖，大家都不陌生?？次墨I的時候，經(jīng)?？匆娤嗷プ饔镁W(wǎng)絡(luò)圖展示了circRNA-miRNA的靶向關(guān)系或者ceRNA競爭性網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。我們先來看幾個圖： CircRNA-...
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R當中數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)置
在以前的操作中轉(zhuǎn)置在excel當中完成，最方便。但是有時候樣本數(shù)目太多，excel就不行了這里介紹個R當中的轉(zhuǎn)置函數(shù)：t()很簡單！第一步：導(dǎo)入數(shù)據(jù)第二步：轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)第三部：輸...
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R語言數(shù)據(jù)整理之行列互換
統(tǒng)計分析時候常常格式錄入時候并不是R包想要的格式，如果數(shù)據(jù)量很大，用excel轉(zhuǎn)換及其麻煩，可以考慮使用reshape2包中的melt函數(shù)進行轉(zhuǎn)換，代碼示例如下。
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R語言數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)置
方法1 #讀取wet.txt需要轉(zhuǎn)換的目標矩陣，顯示原行列。本例中行為sample，列為otu otu<-read.delim('E:\\R語言網(wǎng)絡(luò)分析\\wet.txt',...
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批量計算表達矩陣任意兩個基因的相關(guān)性
今天寫了個函數(shù)，批量計算表達矩陣兩個基因之間的相關(guān)性，安裝這個小R包即可使用： 行名是兩個基因名，第一列是p值，第二列是相關(guān)系數(shù)。這個示例矩陣有100行，計算的結(jié)果有4950...
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從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA(這是一個找bug教程)從果子老師的從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA并進行下游分析一文中，我學(xué)到了如何從TCGA表達譜數(shù)據(jù)中提取RNA。老師的教程已經(jīng)寫的很詳細了，我再補充一點：如何下載GTF注視文...
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RNA m5C甲基化相關(guān)基因列表前面小編給大家介紹過幾個研究熱點相關(guān)的基因集 ? m6A甲基化相關(guān)基因集[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin...
