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@單細胞空間交響樂 rctd_tier2 <- t(RCTD@results$results_df)
dim(rctd_tier2) # 9 4968 #
dim(metadata) # 4969 44
因為前面t()轉置了,它們的行數都不一樣,怎么join呀?
課程補充----單細胞空間聯合分析之RCTD封裝版(針對visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 關于RCTD,本來都不打算更新了,R版本的聯合分析我覺得大家自己寫寫就完了,現在看來,還是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
@單細胞空間交響樂 麻煩請問下,metadata = cortex_sp@meta.data 這樣嗎?
dim(metadata) #4969 13
colnames(metadata ) # "orig.ident" "nCount_Spatial" "nFeature_Spatial" "first_type" "second_type" "first_class" "second_class" "min_score"
"singlet_score" "conv_all" "conv_doublet".
這里的metadata沒有 row_id這一列,如何合并呢?如何在后面的Join with meta_data using row_id as the key呢?
cluster_summary_pat <- rctd_tier2 %>%
as.data.frame() %>%
rownames_to_column("row_id") %>%
left_join(metadata, by = "row_id")
課程補充----單細胞空間聯合分析之RCTD封裝版(針對visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 關于RCTD,本來都不打算更新了,R版本的聯合分析我覺得大家自己寫寫就完了,現在看來,還是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
left_join(metadata, by = "row_id") 這這里,metadata前后文沒有出現過,metadata長什么樣?metadata怎么有row_id這列的?拿來left_join
課程補充----單細胞空間聯合分析之RCTD封裝版(針對visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 關于RCTD,本來都不打算更新了,R版本的聯合分析我覺得大家自己寫寫就完了,現在看來,還是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
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