一、安裝 系統(tǒng)為Red Hat。具體安裝過程： 1. 安裝Development Tools： --disablerepo=pgdg13這個參數(shù)可以先不加，或者視報錯信息修改...
IP屬地：湖南
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Apptainer(singularity新版)的操作
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CentOS里構建可以使用gpu的docker容器
主要是前期配置，docker容器我下載的是rstudio官方構建的，容器里面已經預先安裝好了識別GPU需要的組件，不需要額外安裝。(所有操作均在root賬號下進行)首先是Ce...
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CentOS服務器更新源
方案來源于這個地址：mirrorlist.centos.org no longer resolve? - Server Fault[https://serverfault.c...
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vscode連接服務器失敗的解決方法
服務器用的centos系統(tǒng)，glibc為2.18版本，最新的vscode已經不支持了，所以本質就是需要把服務器和本地的vscode版本都回退到支持2.18的舊版本，并停止vs...
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ART的安裝和簡單使用
[TOC] 安裝環(huán)境 Ubuntu18.10ART-bin-MountRainier-2016.06.05-Linux64 安裝過程 1、從https://www.niehs...
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linux系統(tǒng)（centos）掛載新盤的方法首先執(zhí)行： 來查詢新盤所在的設備名稱 這里我們要掛載的盤在sda，如果是新盤需要先格式化，否則會掛載失?。何锤袷交臅r候會顯示如下報錯信息： 格式化操作如下： 格式化過程中會...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學習學習，不負韶華。 這一篇還是想詳細梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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三大經典在線生存分析工具測評導讀 在腫瘤相關研究中，一張精美的生存分析圖，已經成了腫瘤研究高分文章的標配。好的臨床預后效果，往往在一定程度上決定了文章發(fā)表的層次。然而對剛剛拿到一個新基因的新手來說，生存...
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vmware網(wǎng)絡中斷解決辦法
虛擬機內部的網(wǎng)絡經常會中斷并且無法連接，重啟了vmware和虛擬機都不管用，但是重啟主機會恢復后來發(fā)現(xiàn)不需要重啟主機，方法：搜索“services.msc”，然后以管理員身份...
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?? Reticulate | 如何在Rstudio中優(yōu)雅地調用Python！？寫在前面 最近遇到一個大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于單細胞測序的分析，不過需要在Python中運行。??于是，我就研究了一下如何在Rstudio中調用這個神包。 ?? 這里和大...
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分泌蛋白基因列表下載1. 數(shù)據(jù)下載 在讀Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
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SCENIC/pySCENIC結果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調控網(wǎng)絡流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結果沒有進行可視化，...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize chordDiagram 高級用法前言 默認風格的 chordDiagram() 已經可以滿足大部分需求了，下面我們介紹一些更高級別的圖形配置 使用 1. 軌跡的排布 chordDiagram() 函數(shù)默認會...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（八）：GSVA——基因集變異分析本節(jié)概覽：1.GSVA簡單介紹2.基因集的下載讀取: 手動與msigdbr包下載3.GSVA的運行4.limma差異分析5.GSVA結果可視化：熱圖、火山圖、發(fā)散條形圖/柱形...
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Kaplan-Meier生存分析的結果解讀和繪制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一種單因素生存分析，它可用于研究1個因素對于生存時間的影響。參考：生存分析之Kaplan-Meier曲線都告...
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深度學習的GPU相關配置
要在GPU上使用Python運行Keras中的LSTM算法，你需要確保幾個關鍵的組件已經正確安裝和配置在你的環(huán)境中。這包括安裝支持GPU的TensorFlow版本（Keras...
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[R Tips] 多個向量取交集
假如有 3 個基因列表存儲在 R 的向量，此時 intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 個基因列表呢？ 9 層嵌套 inter...
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單細胞分析中機器學習的使用
可選模型： 機器學習模型 隨機森林（Random Forest） - 一個經典的集成學習模型，適用于處理高維數(shù)據(jù)，能夠處理單細胞表達數(shù)據(jù)的復雜性。 支持向量機（Support...
