目前的情況估計(jì)北京的學(xué)校半年都開(kāi)不了學(xué)，簡(jiǎn)直快把做實(shí)驗(yàn)的生物狗逼成搗騰數(shù)據(jù)的程序猿了，再不開(kāi)學(xué)都快忘了實(shí)驗(yàn)怎么做了?，F(xiàn)在發(fā)現(xiàn)了數(shù)學(xué)是限制我學(xué)生信的最終原因，不過(guò)生物學(xué)這邊更注...
IP屬地：上海
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遺傳學(xué) 博士
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空間轉(zhuǎn)錄組國(guó)產(chǎn)平臺(tái)之光------STOmicshello，大家好，又周四了，感覺(jué)自己什么都沒(méi)干，時(shí)間就過(guò)完了，一想起時(shí)間如此的快速，特別傷心，比當(dāng)初被踹還嚴(yán)重。 今天我們要繼續(xù)空間轉(zhuǎn)錄的內(nèi)容，不過(guò)今天我們需要介紹一個(gè)國(guó)產(chǎn)...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組和10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析方法匯總大家好，新的一年開(kāi)始了，我們又要投入到緊張的工作中去了，作為一名10X空間和10X單細(xì)胞分析的生信人員，也要開(kāi)始新一年的工作了，但是，正可謂磨刀不誤砍柴功，總結(jié)也是一種進(jìn)步，...
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努力學(xué)代碼的超級(jí)無(wú)敵大蝸牛??
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（二）甲基化信息提取以及文件解讀(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附帶一個(gè)補(bǔ)充的bismark_methylation_extractor腳本，它對(duì)Bismark結(jié)果文件進(jìn)行操作，并對(duì)每個(gè)C進(jìn)...
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CITE-seq：同時(shí)測(cè)細(xì)胞表面蛋白和RNA的單細(xì)胞測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.itdecent.cn/p/6c5d...
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如何優(yōu)雅的閱讀Seurat包20211109（周二）1.今天準(zhǔn)備學(xué)習(xí)scanpy單細(xì)胞分析包，走在路上想，我用seurat和scanpy的意義在哪里，多學(xué)一個(gè)軟件嗎？學(xué)習(xí)軟件后面的代碼邏輯 遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于學(xué)會(huì)...
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Motif分析百寶箱（一）
作者：snail審稿：童蒙編輯：amethyst What's Motif? 模體（Motif）是指序列中局部的保守區(qū)域，或者是一組序列中共有的一小段序列模式；與轉(zhuǎn)錄因子、組...
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廈大本科，清華生科院博士生在讀，對(duì)表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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【r<-函數(shù)】do.call的使用
do.call這個(gè)函數(shù)是我在搜索問(wèn)題時(shí)會(huì)看到別人經(jīng)常使用的一個(gè)函數(shù)，心生好奇，這次來(lái)看看它的用法。 從文檔來(lái)看，do.call可以通過(guò)名字構(gòu)建和執(zhí)行函數(shù)，并且將參數(shù)以列表的形...
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GATK簡(jiǎn)介
GATK(全稱The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute開(kāi)發(fā)的用于二代重測(cè)序數(shù)據(jù)分析的一款軟件，是基因分析的工具集。在4.0以后...
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結(jié)構(gòu)變異SV分析(WGS/WES)和融合基因檢測(cè)（RNA）
69種工具檢測(cè)SV對(duì)比 http://www.itdecent.cn/p/85ff211b4b4e[http://www.itdecent.cn/p/85ff211b4...
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69種軟件檢測(cè)WGS結(jié)構(gòu)變異SV的算法評(píng)估前言 最近在研究低深度WGS數(shù)據(jù)檢測(cè)SV變異，測(cè)試了很多個(gè)軟件，一直沒(méi)有一個(gè)準(zhǔn)確的結(jié)論。周一很巧地發(fā)現(xiàn)了這篇文章，作者收集了市面上幾乎所有的SV檢測(cè)工具，用真實(shí)數(shù)據(jù)和模擬數(shù)據(jù)...
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為啥一定要用殘差圖檢查你的回歸分析？先說(shuō)殘差圖究竟是什么鬼。 殘差圖是指以殘差為縱坐標(biāo)，以任何其他指定的量為橫坐標(biāo)的散點(diǎn)圖。(上圖僅是殘差的示意圖，非殘差圖，殘差圖可見(jiàn)下文) 用普通最小二乘法(OLS)做回歸分...
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左手代碼，右手寫作：你必須會(huì)的Jupyter Notebook在數(shù)據(jù)分析的道路上，你一定曾有過(guò)為新發(fā)現(xiàn)而激動(dòng)不已的時(shí)刻，此時(shí)你急于將自己的發(fā)現(xiàn)告訴大家，卻遇到了這樣的問(wèn)題：如何將我的分析過(guò)程清晰地表述出來(lái)呢？ 為了能與同行們有效溝通，你...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開(kāi)發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同ATAC-Seq簡(jiǎn)介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
