適用背景 之前寫(xiě)了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化，...
發(fā)簡(jiǎn)信
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細(xì)胞分析的過(guò)程中，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對(duì)某一子集，重新畫(huà)圖等等。所以，我們首先需要對(duì)Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個(gè)基本的了解。 下面這個(gè)圖...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）降維分析之tSNE（算法基礎(chǔ)知識(shí)）hi，大家好，不知道大家對(duì)算法感不感興趣，之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧，大家可以參考單細(xì)胞PCA分析的降維原理[http://www.itdecent.cn/p/...
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最全Bedtools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對(duì)基因...
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對(duì)兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap，找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集，或者看很多...
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包含單細(xì)胞、空間的文獻(xiàn)思路
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生信老司機(jī)教你如何做基因組項(xiàng)目
作者：hony審稿：童蒙編輯：angelica 引言 轉(zhuǎn)眼間，從事生信工作已數(shù)年有余。在這期間，一直專注于基因組方面。項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)較多，涉及的物種也從微生物擴(kuò)展到動(dòng)植物，但其中不...
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這個(gè)世界流行離開(kāi)，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過(guò)conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問(wèn)我gatk 3.8的版本在哪里...
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Q20與Q30是什么
在分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的時(shí)候，我們會(huì)對(duì)Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢？又是怎么來(lái)的呢？ Q20，Q30它們代表的是某一堿基質(zhì)量值占全部堿基數(shù)的百分比，就類(lèi)...
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周運(yùn)來(lái)，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹(shù)。生信技能樹(shù)核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
