適用背景 之前寫(xiě)了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1],但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化,...
適用背景 之前寫(xiě)了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1],但生成的結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行可視化,...
在做單細(xì)胞分析的過(guò)程中,我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析:針對(duì)某一子集,重新畫(huà)圖等等。所以,我們首先需要對(duì)Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個(gè)基本的了解。 下面這個(gè)圖...
hi,大家好,不知道大家對(duì)算法感不感興趣,之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧,大家可以參考單細(xì)胞PCA分析的降維原理[http://www.itdecent.cn/p/...
1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的基因組算法工具集,它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對(duì)基因...
bedtools intersect可以對(duì)兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap,找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集,或者看很多...
作者:hony審稿:童蒙編輯:angelica 引言 轉(zhuǎn)眼間,從事生信工作已數(shù)年有余。在這期間,一直專注于基因組方面。項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)較多,涉及的物種也從微生物擴(kuò)展到動(dòng)植物,但其中不...
有很多的生信軟件都可以通過(guò)conda安裝,省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件,conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問(wèn)我gatk 3.8的版本在哪里...
在分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的時(shí)候,我們會(huì)對(duì)Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢?又是怎么來(lái)的呢? Q20,Q30它們代表的是某一堿基質(zhì)量值占全部堿基數(shù)的百分比,就類(lèi)...