原文：http://www.chenlianfu.com/?p=806[http://www.chenlianfu.com/?p=806] 一. JELLYFISH簡(jiǎn)介 JE...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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jellyfish的安裝和使用(轉(zhuǎn)載)
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，KEGG Pathway 通路富集分析寫(xiě)在前面 前段時(shí)間，推過(guò)兩個(gè)教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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Science | ATAC-seq+RNA-seq+泛基因組研究蝴蝶翅膀趨同進(jìn)化2023年3月10日，來(lái)自波多黎各大學(xué)Van Belleghem等多團(tuán)隊(duì)合作在國(guó)際頂級(jí)期刊《Science》上在線(xiàn)發(fā)表了題為“High level of novelty un...
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根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話(huà)，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來(lái)計(jì)...
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PacBio平臺(tái)解析全基因組CpG甲基化
作者：云歌審稿：童蒙編輯：angelica 和小伙伴們簡(jiǎn)單聊聊三代測(cè)序的應(yīng)用和PB測(cè)序平臺(tái)5mC檢測(cè)方向，作為回歸的熱身~ 一、三代測(cè)序平臺(tái)應(yīng)用概覽 近幾年，以PacBio和...
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一文掌握R包DESeq2的差異基因分析過(guò)程轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的最直接目的，就是設(shè)法尋找組間顯著表達(dá)變化的基因，解釋基因表達(dá)水平的變化對(duì)生物功能的影響。例如，腫瘤患者與正常人群相比哪些編碼蛋白或非編碼RNA分子發(fā)生了失調(diào)，這些...
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生信分析不只是跑下軟件 | TADCompare 差異分析要留心序 言 ??生信分析真的是跑下別人的軟件就ok了么？很明顯這樣認(rèn)為有些膚淺。先不說(shuō)軟件好不好用的事，即使勉強(qiáng)能夠正常運(yùn)行得到結(jié)果就萬(wàn)事大吉了么？這里也不討論數(shù)據(jù)好壞的問(wèn)題，得...
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【HiC】繪制TAD邊界強(qiáng)度背景 經(jīng)常在HiC文章中看到TAD邊界強(qiáng)度變化圖，大體上可以反映TAD之間隔絕情況,絕緣系數(shù)越低，TAD之間交互越弱。如下圖： 畫(huà)圖的方法： 有點(diǎn)類(lèi)似ChIP-seq pe...
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pyGenomeTracks—表觀多組學(xué)個(gè)性化track可視化工具
作者：Jenny審稿：童蒙排版：amethyst 引言 在表觀多組學(xué)聯(lián)合分析中，我們經(jīng)常會(huì)遇到想對(duì)某個(gè)區(qū)域可視化，每當(dāng)看到高分文章里漂亮的tracks圖，就羨慕不已。今天小編...
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三維基因組 | 棉花 《Nature Plants》 2018轉(zhuǎn)自：https://www.sohu.com/a/220053461_761120[https://www.sohu.com/a/220053461_761120] 寫(xiě)在前...
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矯正基因結(jié)構(gòu)注釋 - 做有良心的基因家族分析寫(xiě)在前面 半個(gè)月前，我推了一個(gè)《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程（原本事實(shí)是開(kāi)給課題組）。在熱身課程（完全免費(fèi)）中，將我個(gè)人對(duì)基因家族分析的認(rèn)知和其意義均做了說(shuō)明，感...
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homer 處理HiC-pro的結(jié)果寫(xiě)在前面，得到HiC-pro的結(jié)果后，我們想看看顯著的互作區(qū)域以及兩個(gè)樣本互作區(qū)域的不同. 關(guān)注正常染色體 比較不同實(shí)驗(yàn)組數(shù)據(jù)大小，如果相差比較大，利用shuf隨機(jī)提取等量數(shù)...
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這個(gè)結(jié)果啥意思？
Fit-hic 2 通過(guò)hic數(shù)據(jù)檢測(cè)顯著性互作
安裝官網(wǎng)中提到三種安裝方法，可通過(guò)conda, pip，git clone 安裝該軟件.我們這里利用conda,非常簡(jiǎn)單快速.1.1 conda創(chuàng)建環(huán)境 1.2 conda ...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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SVIM-asm 基因組水平鑒定SVgithub：https://github.com/eldariont/svim-asm[https://github.com/eldariont/svim-asm] ref...
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Fit-hic 2 通過(guò)hic數(shù)據(jù)檢測(cè)顯著性互作安裝官網(wǎng)中提到三種安裝方法，可通過(guò)conda, pip，git clone 安裝該軟件.我們這里利用conda,非常簡(jiǎn)單快速.1.1 conda創(chuàng)建環(huán)境 1.2 conda ...
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Hic-pro的結(jié)果文件轉(zhuǎn)化為.hic文件，在juicebox中實(shí)現(xiàn)可視化hic數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)Hic-pro處理后，會(huì)生成allvalidpairs文件，這是所有有效配對(duì)的文件。一般想要可視化的話(huà)，比較復(fù)雜。這時(shí)我們就可以把它轉(zhuǎn)化為.hic文件，放到j(luò)u...
