hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結一下。 研究背景 在單細胞轉錄組測序中，整...
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IP屬地：福建
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10X單細胞（10X空間轉錄組）基因集打分方法匯總
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非負矩陣分解（NMF）應用于scRNAseq的細胞分群NMF算法簡介 非負矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為，對于任意給定的一個非負矩陣V，NMF算法能夠找到...
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細胞類型重復性驗證----MetaNeighbor（1）單細胞轉錄組的出現(xiàn)加快了細胞類型多樣性的研究，以及一些稀有細胞類型的發(fā)現(xiàn)。但是，細胞類型的注釋則因為不同數(shù)據(jù)集以及不同分析方法的原因差異較大。如何來驗證細胞類型注釋的真?zhèn)?，?..
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limma 包的normalizeBetweenArrays和其他數(shù)據(jù)矯正方法原文鏈接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實現(xiàn)方式??最近一直在學習單細胞方面的知識，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學習了一下。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...
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tidydr | 一行代碼搞定小坐標系日常瞎掰 ??scRNA-seq數(shù)據(jù)聚類后會使用UMAP或者TSNE圖來展示細胞分群結果。對于畫這類降維圖，Seuart包就可以輕松實現(xiàn)。不過，好像大家并不滿足于Seuart...
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CITE-seq：同時測細胞表面蛋白和RNA的單細胞測序單細胞測序方法和原理系列： 1. 單細胞轉錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.itdecent.cn/p/6c5d...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(二)注釋熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類熱圖，在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類熱圖的重要組成部分，能夠?qū)釄D的行、列附加信息添加到熱圖中。 ComplexHeat...
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Seurat包之導入單細胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細胞數(shù)據(jù)集時，會遇到常見各種單細胞測序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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Seurat 新版教程：分析空間轉錄組數(shù)據(jù)隨著轉錄組技術的發(fā)展，空間轉錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時代，作為單細胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時俱進，也相應地開發(fā)了空間轉錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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關閉PS和AI的版權提示框在使用Adobe系列軟件時，若沒有正版授權，則會出現(xiàn)彈窗，該彈窗是由Adobe Genuine Service 軟件彈出的，且該彈窗無法關閉，下文介紹如何永久關閉該彈窗。（而...
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@abdkxk 因為我沒有構建SpatialDimPlot的image對象，這部代碼比較多就沒放，你可以手動按照Seurat的格式構建一下就好（主要是因為這個函數(shù)可視化不好看，我們一般都不用
將R環(huán)境下的Seurat RDS格式數(shù)據(jù)轉化成為到python環(huán)境下scanpy的anndata格式
無論是單細胞、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù)，有時由于下游分析的需求或可視化的需求，同時由于python的運算速度的優(yōu)勢，目前越來越多單細胞分析的工具開始在python環(huán)境下開發(fā)（...
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R 進階cheat sheet一、數(shù)據(jù)框切片 去掉數(shù)據(jù)框具體某一列一階：切片，不要那個就負號去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]。顯然如果數(shù)據(jù)框比較大，又是中間的項，就比較難數(shù)到具體數(shù)字。而且只有函...
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡圖繪制40. 網(wǎng)絡圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網(wǎng)絡圖
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ROGUE：評估細胞亞群純度說在前面 我們在前面通過3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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大數(shù)據(jù)量單細胞數(shù)據(jù)處理方式
單細胞數(shù)據(jù)爆發(fā)，現(xiàn)在細胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級別，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外，為了減輕個人PC內(nèi)存有...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（六）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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Seurat 報錯記錄
bug千千萬，改完又忘，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們???? 1. FindVariableFeatures()報錯 這個是RNA這個assays...
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【基因組學】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應用于基因組學的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應用。 一.下載 下載鏈...