當你心煩意亂、人生迷茫時，如果能在這里找到問題根源，或是發(fā)現(xiàn)解決問題的方向或靈感，將是本賬號最大的榮幸，也是作者繼續(xù)前進的動力
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怎樣和『以自我為中心』的人相處？這個世界，有各種各樣類型的人存在。特別是有這樣一類人，不管說什么、做什么，都喜歡強調(diào)：我想怎樣怎樣、我是什么什么、我能如何如何…這是典型的“自我中心主義”人格障礙。除了自己，...
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Bcftools以及比較兩個VCF
bcftools詳解[http://www.itdecent.cn/p/266c55c87978]bcftools系統(tǒng)性練習[http://evomics.org/lear...
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SNP對轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合及基因表達的影響
單核苷酸多態(tài)性（SNP）是基因組DNA序列變異的主要形式。但大多數(shù)的snp并不影響蛋白質(zhì)序列，這些SNP主要通過對基因表達調(diào)控來影響生物個體。研究轉(zhuǎn)錄因子與snp位點的結(jié)合性...
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系統(tǒng)進化樹簡介及構(gòu)建系統(tǒng)進化樹學習筆記。 系統(tǒng)進化樹簡介 系統(tǒng)進化樹（Phylogenetic tree）：用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點之間的進化關系，節(jié)點可以是不同物種、同一物種不同樣本...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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富集分析天花板之ClusterProfiler4說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔，想當初小編初入生信大門時還專門百度查了一下，他就是南方醫(yī)科大學生物信息學系主任余光創(chuàng)教授。Y叔在國際...
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rehh：單倍體/單倍型群體間選擇信號分析（基于selective sweep）本文介紹的方法都是基于Extended Haplotype Homozygosity (EHH)概念，由SABETI 等人在 2002年提出。簡單來說，根據(jù)selective...
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群體遺傳學-選擇清除分析一、中性學說 分子水平上，生物的演化或物種的進化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引起的，從而形成分子水平上的進化性變化或種內(nèi)變異。分子演化的...
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如何喂養(yǎng)我們的靈魂？春天的腳步越走越遠了，夏天也在蠢蠢欲動地要破門而出了。 不過，今天還是個春光明媚的日子，春天這個頑皮的少女還在盡情地跳躍著最后的收場舞蹈。作為觀眾，我也沒有拒絕她的美意，也在...
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測序深度和測序覆蓋度，怎么估算？在我們開始測序之前，經(jīng)常會被問道，你需要的測序深度和測序覆蓋度的概念，比如在測序線粒體的DNA時候，測序小哥就問說1個G的數(shù)據(jù)量夠了嗎？下面就給大家解釋下這兩個概念： 測...
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Mac下獨立設置觸控板和鼠標的滾動方向新入手MacBook Pro，觸控板很靈敏，各種手勢功能也很強大，不過長時間在板子上摸，指頭不舒服，還是外接一個鼠標吧。 微軟3600藍牙鼠標，無需接收器，干凈利索，熟悉的手...
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eggnog-mapper使用記錄
這兩天在基因課上學了一下eggnog-mapper，先看文章，然后看視頻課程，正好工作有需要對一批轉(zhuǎn)錄本進行功能注釋。搗鼓一下，在基因課的服務器上操作的，特此記錄一下。 文章...
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應該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程eggnog-mapper實現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常見的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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R 函數(shù)筆記 | grep()函數(shù)與R語言中的正則表達式
grep()能對向量中特定條件的元素進行查詢，默認return為index。grep()語法與grep()大致相似，但默認return為logical。 grep() 代碼如...
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人生苦短，我用 Python 之快速遍歷 PPT
故事背景是這樣的，某一天師兄突然交給一項任務。雖然他吧啦吧啦地說了一堆，但是簡單總結(jié)起來就是現(xiàn)在有個一千頁的PPT和一個一千行的txt文檔，要做的事情就是把txt文檔中的一千...
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ggtree實現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹可視化
背景1：Newick格式 Newick是最常用的存儲進化樹的文件格式，如上面這個樹，拓樸結(jié)構(gòu)用newick格式可以表示為： (B,(A,C,E),D); 括號最外層是根節(jié)點，...