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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇，因為我并非只是在簡單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時間閱讀，對于有一定經(jīng)驗的老手來說，相信依然可以有...
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基因組Survey(二代測序數(shù)據(jù)質(zhì)控）2021-06-26 一. 為什么要做基因組Survey? Survey分析要做什么數(shù)據(jù)準(zhǔn)備？（1）QC方法介紹（2）NT方法介紹 1.為什么要進行Survey分析？2.Su...
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生物基礎(chǔ)知識-CDS、ORF、啟動子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
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終于，我也出了篇R語言入門手冊！1 什么是R語言R語言是一個開源的數(shù)據(jù)分析環(huán)境，起初是由數(shù)位統(tǒng)計學(xué)家建立起來，以更好的進行統(tǒng)計計算和繪圖，這篇wiki中包含了一些基本情況的介紹。由于R可以通過安裝擴展包（P...
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腳本去除簡書上的廣告以及煩人的點擊展開全文
簡書現(xiàn)在出了一個超惡心的需求,對過長的文章搞了一個遮罩,讓用戶主動點擊才能展開全文,臥槽真的好煩啊,然后我以為是該網(wǎng)站為了減輕帶寬搞的兩次請求數(shù)據(jù)呢,結(jié)果一查network發(fā)...
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day12 bowtie2學(xué)習(xí)一、bowtie2的基本概念 1. 比對 全局比對 End to end，也叫雙端比對。把read作為一個整體，不可分割斷裂。 局部比對local alignment exa...
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控、比對和過濾這部分內(nèi)容包括對原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對過濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如果是植物，還需要過濾葉綠體），...
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bam文件過濾和去重復(fù)
最近處理的幾組數(shù)據(jù)使我感覺到生信軟件的教程一定要看最新的或官方的，因為現(xiàn)在的技術(shù)和方法發(fā)展太快了，軟件更新?lián)Q代也非?？欤恳粋€版本都可能有細微的區(qū)別，網(wǎng)上找到的幾年前的教程可...
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【ATAC-Seq 實戰(zhàn)】二、分析環(huán)境搭建及原始數(shù)據(jù)處理
這里是佳奧！ 讓我們從配置環(huán)境開始吧！ 1 Linux環(huán)境 2 R環(huán)境 3 下載sra數(shù)據(jù) 組織好項目 批量下載 4 轉(zhuǎn)化為fastq 5 fastq過濾及質(zhì)控可視化 Tri...
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R語言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強熱圖的函數(shù)d3heatma...
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學(xué)與算法知識相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學(xué) * 各類算法 * 機器學(xué)習(xí)
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
