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中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院-作物遺傳育種專業(yè)博士研究生在讀，歡迎大家一塊交流呀~
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從零開(kāi)始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長(zhǎng)，超過(guò)1萬(wàn)字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤?jiǎn)單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對(duì)于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對(duì)于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來(lái)說(shuō)，相信依然可以有...
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基因組Survey(二代測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控）2021-06-26 一. 為什么要做基因組Survey? Survey分析要做什么數(shù)據(jù)準(zhǔn)備？（1）QC方法介紹（2）NT方法介紹 1.為什么要進(jìn)行Survey分析？2.Su...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS、ORF、啟動(dòng)子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開(kāi)放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
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終于，我也出了篇R語(yǔ)言入門手冊(cè)！1 什么是R語(yǔ)言R語(yǔ)言是一個(gè)開(kāi)源的數(shù)據(jù)分析環(huán)境，起初是由數(shù)位統(tǒng)計(jì)學(xué)家建立起來(lái)，以更好的進(jìn)行統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖，這篇wiki中包含了一些基本情況的介紹。由于R可以通過(guò)安裝擴(kuò)展包（P...
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腳本去除簡(jiǎn)書上的廣告以及煩人的點(diǎn)擊展開(kāi)全文
簡(jiǎn)書現(xiàn)在出了一個(gè)超惡心的需求,對(duì)過(guò)長(zhǎng)的文章搞了一個(gè)遮罩,讓用戶主動(dòng)點(diǎn)擊才能展開(kāi)全文,臥槽真的好煩啊,然后我以為是該網(wǎng)站為了減輕帶寬搞的兩次請(qǐng)求數(shù)據(jù)呢,結(jié)果一查network發(fā)...
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day12 bowtie2學(xué)習(xí)一、bowtie2的基本概念 1. 比對(duì) 全局比對(duì) End to end，也叫雙端比對(duì)。把read作為一個(gè)整體，不可分割斷裂。 局部比對(duì)local alignment exa...
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學(xué)習(xí)
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控、比對(duì)和過(guò)濾這部分內(nèi)容包括對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對(duì)過(guò)濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點(diǎn)是需要過(guò)濾去除線粒體（如果是植物，還需要過(guò)濾葉綠體），...
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bam文件過(guò)濾和去重復(fù)
最近處理的幾組數(shù)據(jù)使我感覺(jué)到生信軟件的教程一定要看最新的或官方的，因?yàn)楝F(xiàn)在的技術(shù)和方法發(fā)展太快了，軟件更新?lián)Q代也非常快，每一個(gè)版本都可能有細(xì)微的區(qū)別，網(wǎng)上找到的幾年前的教程可...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】二、分析環(huán)境搭建及原始數(shù)據(jù)處理
這里是佳奧！ 讓我們從配置環(huán)境開(kāi)始吧！ 1 Linux環(huán)境 2 R環(huán)境 3 下載sra數(shù)據(jù) 組織好項(xiàng)目 批量下載 4 轉(zhuǎn)化為fastq 5 fastq過(guò)濾及質(zhì)控可視化 Tri...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡(jiǎn)介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡(jiǎn)單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)d3heatma...
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生信技能樹(shù)：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛(ài)好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
