引言 在過去的十年里，單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)徹底改變了我們對(duì)復(fù)雜生物系統(tǒng)的理解，尤其是在癌癥研究領(lǐng)域。癌癥作為一種由多種遺傳克隆和惡性細(xì)胞狀態(tài)組成的復(fù)雜生...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：陜西
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癌癥細(xì)胞狀態(tài)的十年探索：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序的啟示 -
腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷的響應(yīng)腫瘤免疫新視野：揭秘CXCL13+ T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷的響應(yīng) 在免疫治療領(lǐng)域，探索腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷（ICB）的響應(yīng)機(jī)制一直是研究熱點(diǎn)。一篇2022年發(fā)表在...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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Vecyloto.R的安裝（碰壁無(wú)數(shù)次，終于成功）
（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允許轉(zhuǎn)載的請(qǐng)私信告知我，我會(huì)立即刪除，謝謝）velocyto用于單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析（RNA速率分析）的工具。除了常用的擬時(shí)序軌跡分析，R...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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是的，確實(shí)是這個(gè)數(shù)據(jù)集??
單細(xì)胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入
要做單細(xì)胞分析，尤其是從公司拿回?cái)?shù)據(jù)，或者從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)，看起來(lái)眼花繚亂的分析結(jié)果，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析。 數(shù)據(jù)應(yīng)該是什么樣子 首先需...
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基于剪切速率的擬時(shí)序分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (scRNA-seq)中擬時(shí)序分析是很常見的，是用來(lái)推斷不同的細(xì)胞類型間的發(fā)育關(guān)系，有一類通過RNA速率來(lái)推斷軌跡的方法，在此介紹一下。 RNA veloc...
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SCTransform：?jiǎn)渭?xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個(gè)函數(shù)用來(lái)對(duì)數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個(gè)函數(shù)可以代替三個(gè)函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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周運(yùn)來(lái)，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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批次將文件夾中的內(nèi)容讀入
使用for循環(huán) 使用for循環(huán)，依次讀入文件夾“input”中的文件，將讀入的數(shù)據(jù)放入一個(gè)list 使用lapply 函數(shù)
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環(huán)境配置筆記12-解決SeuratData包InstallData()無(wú)法安裝數(shù)據(jù)集
近期Seurat官網(wǎng)國(guó)內(nèi)上不去，因此在服務(wù)器上也無(wú)法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù)，有以下報(bào)錯(cuò)： 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集，...
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概覽劉小澤寫于19.5.7主要看流程，這一篇不涉及真實(shí)數(shù)據(jù)展示 總的來(lái)說(shuō)，Cell Ranger主要的流程有：拆分?jǐn)?shù)據(jù) mkfastq、細(xì)胞定量 count、定量組合 aggr、...
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這個(gè)計(jì)算方式，如果不是兩組，也就是不是“control”和“treat”，而是“group1”， “group2”， “group3”， “group4”，是不是不能這樣計(jì)算了？因?yàn)槲铱催@一步“PCR$ddct=PCR$dct-mean(PCR$dct[1:3]) ##?Ct-對(duì)照組Ct均值，即??Ct”中mean(PCR$dct[1:3])是一個(gè)定值
R語(yǔ)言處理PCR數(shù)據(jù)，一步畫柱狀圖、添加顯著性標(biāo)志并實(shí)現(xiàn)截?cái)?/a>
PCR數(shù)據(jù)要有三列，一列是組名，一列是內(nèi)參基因的CT值，一列是目的基因的CT值，計(jì)算方法是-2??Ct 法，實(shí)現(xiàn)一步出圖用的是ggpubr，實(shí)現(xiàn)截?cái)鄤t是Y叔出手的ggbrea...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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ggplot2編寫函數(shù)來(lái)繪圖本節(jié)來(lái)介紹如何編寫函數(shù)來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化，平時(shí)畫圖時(shí)我們經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)需要編寫許多重復(fù)的代碼來(lái)進(jìn)行繪圖，這樣不僅使代碼冗余也大大降低了代碼的可閱讀性，因此掌握如何編寫函數(shù)來(lái)簡(jiǎn)化代碼...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總，主要針對(duì)基因集打分，無(wú)論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來(lái)總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，整...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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單細(xì)胞分析（四）——數(shù)據(jù)讀入要做單細(xì)胞分析，尤其是從公司拿回?cái)?shù)據(jù)，或者從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)，看起來(lái)眼花繚亂的分析結(jié)果，首先第一步就是要把數(shù)據(jù)先讀入，才能有后續(xù)的結(jié)果和分析。 數(shù)據(jù)應(yīng)該是什么樣子 首先需...
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單細(xì)胞分析（三）——細(xì)胞分群?jiǎn)为?dú)展示使用降維分析圖展示marker基因 大部分單細(xì)胞分析，以及seurat package這個(gè)包給出的示例，也都是某一marker基因在降維分析之后得到位置的表現(xiàn)。例如下圖 單細(xì)...
