寫在前面：在上億年的進(jìn)化歷程中，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變、插入、缺失到大的基因缺失、重復(fù)、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移?；蚪M比對(duì)可以通過比對(duì)序列中的同源區(qū)域...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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multiple whole genome alignment -
(Smartseq2) single cell RNA-seq分析練習(xí)這次跟著課程（Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記-1-前言及上游介紹）要練習(xí)的文章是：Dissecting Cell Lineage Specification ...
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interproscan的安裝與使用參考：http://www.itdecent.cn/p/1bc986ee1a9e[http://www.itdecent.cn/p/1bc986ee1a9e]https:...
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SSH ?無(wú)密碼登錄遠(yuǎn)程服務(wù)器
生成 SSH 密鑰對(duì)： 將在默認(rèn)的 ~/.ssh/ 目錄下生成 SSH 密鑰對(duì)（公鑰和私鑰）。 將公鑰添加到服務(wù)器的 authorized_keys 文件中：
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使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具，包括三個(gè)模塊， Inch...
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keras.utils.plot_model
報(bào)錯(cuò)信息：、、、('You must install pydot (pip install pydot) and install graphviz (see instruct...
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表位預(yù)測(cè)軟件NetChop、NetCTL、NetMHC及IEDB的使用
1. 網(wǎng)頁(yè)版工具地址 Predictions of proteasomal cleavage： NetChop 3.1 Server：http://www.cbs.dtu.d...
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matplotlib：根據(jù)gtf文件畫出基因全部的轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)根據(jù)gtf文件畫出某個(gè)基因全部的轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu) http://www.biotrainee.com/thread-624-1-1.html 此片段改編自生信技能樹論壇生信編程直播...
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Motif scanning tool: FIMO（在線版分析筆記）FIMO官網(wǎng)教程 官網(wǎng)：這里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web] （一）什么FIMO？ FI...
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Motif可視化——從PFM矩陣到sequence logo
Sequence Logo是如何畫出來(lái)的呢？ 作者：snail審稿：童蒙編輯：amethyst 計(jì)算PFM 還是以MEME example中第一個(gè)的Motif結(jié)果[https...
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Motif中的PWM矩陣PWM矩陣是表示motif的一種方式，全稱是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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ggplot2一頁(yè)多圖排版的簡(jiǎn)便方法更好的閱讀體驗(yàn)>> 要想在同一頁(yè)面上排列多個(gè)ggplot2圖形，基本的R函數(shù)par() 和 layout()是無(wú)效的。解決方案之一是使用 gridExtra包中的一些函數(shù)來(lái)排...
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ACMG指南解讀筆記（0）- 定個(gè)小目標(biāo)
好久沒有更新內(nèi)容，照理來(lái)說(shuō)對(duì)于call出來(lái)的SNVs/INDELs，下一步的工作就是篩選了，一般的篩選方式大體會(huì)有這些步驟： 保留數(shù)據(jù)庫(kù)中已報(bào)道的致病位點(diǎn)（Clinvar、H...
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CLIP、RIP-seq講座視頻筆記系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡(jiǎn)書 [https://w...
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canu - 三代測(cè)序組裝工具canu - 三代測(cè)序組裝工具 本文大部分參考來(lái)自于大神hoptop - 「三代組裝」使用Canu對(duì)三代測(cè)序進(jìn)行基因組組裝的簡(jiǎn)書，在此說(shuō)明一下。 最近由于需要組裝三代的數(shù)據(jù)，...
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「三代組裝」使用Pilon對(duì)基因組進(jìn)行polish
軟件安裝 官方提供了編譯好的jar包，方便使用 如果要順利運(yùn)行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根據(jù)基因組大小而定的內(nèi)存，一般而言是1M大小的基因?qū)?yīng)1GB的內(nèi)存。 總覽...
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基因突變檢測(cè)之Mutect2寫在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)，年底一番瞎忙活，停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書。人生中有個(gè)很重要伯樂導(dǎo)師告訴我，在這個(gè)事多的工作環(huán)境下，沒人愿意看你太多的廢話。直奔重點(diǎn)才是...
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random.randint()與np.random.randint()的區(qū)別
先來(lái)看看random.randint()方法： 再來(lái)看看numpy.random.randint()方法： 看出有什么不同了嗎?random.randint()方法里面的取值...
個(gè)人介紹
計(jì)算生物學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)