最近新發(fā)現(xiàn)一個工具——parallel-fastq-dump，能多線程運(yùn)行fastq-dump處理SRA文件，而且與另一個常用的多線程工具fasterq-dump相比，還有-...
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fastq-dump、fasterq-dump和parallel-fastq-dump處理SRA文件的速度比較 -
@木潤嘉子 可以，也可以換過來，我建議先quatet，這個比TGS快多了
「基因組」基因組補(bǔ)gap軟件202512
最近看到的一些T2T補(bǔ)gap軟件軟件： softwareDownloadTimeArticleJournalquarTeThttps://github.com/aaranyu...
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「基因組」判斷物種倍性鑒定基因組倍性判斷方法： 1.smudgeplot2.PloidyFrost3.Survey軟件：genomescope2(根據(jù)survey峰圖判斷)4.與近緣二倍體做比較，...
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「基因組」OMArk評估蛋白
OMArk依賴于查詢蛋白質(zhì)組和生命樹中預(yù)先計算的基因家族之間的快速、無比對的序列比較，可評估整個基因庫相對于密切相關(guān)物種的完整性和一致性。與BUSCO軟件相比，OMArk可以...
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trf預(yù)測異常
官網(wǎng)：https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF[https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TR...
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「基因組」基因組補(bǔ)gap軟件202512
最近看到的一些T2T補(bǔ)gap軟件軟件： softwareDownloadTimeArticleJournalquarTeThttps://github.com/aaranyu...
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@印痕 著絲粒找的是串聯(lián)重復(fù)比較高的地方，然后merge在一起
「基因組」著絲粒和端粒鑒定軟件202512
最近狀態(tài)不佳，連續(xù)兩件事情做的時候只想到了一半，做了又等于沒做，都成了自己預(yù)想的最差的結(jié)果，要想做到最佳，只有重做，現(xiàn)在浪費(fèi)時間結(jié)果不合適等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...
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@ba6ff850b1d1 早上記得回復(fù)過你，好像沒有顯示，可以私聊，簡單問題不用有償
「基因組」基因組分析之鑒定基因類型
基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運(yùn)而生，下游的生信或者實(shí)驗想知道關(guān)注...
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@ba6ff850b1d1 你得軟件沒裝好，MCScanX都沒有
「基因組」基因組分析之鑒定基因類型
基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運(yùn)而生，下游的生信或者實(shí)驗想知道關(guān)注...
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「基因組」Quast評估基因組
1.Quast下載地址:https://github.com/ablab/quast[https://github.com/ablab/quast] QUAST(Qualit...
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「基因組」評估目錄貼
「基因組」compleasm評估基因組busco[http://www.itdecent.cn/p/8178b1b99a14]「基因組」著絲粒和端粒鑒定軟件 [https:...
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@花生學(xué)生信 不是大佬，隨便混混，哈哈哈哈
基因組評估軟件gaep
基因組評估軟件geap， GAEP是一款能夠基于二代、三代測序以及轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，對基因組組裝序列的連續(xù)性、準(zhǔn)確性、完整性和冗余性進(jìn)行評估的軟件。它可以生成包括序列長度、co...
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@花生學(xué)生信 我們做的基因組比較多，都是分軟件分別跑的，拆分任務(wù)并行，速度快，并且分布有check文件，可以續(xù)跑。單個基因組可以用用這個慢慢跑
基因組評估軟件gaep
基因組評估軟件geap， GAEP是一款能夠基于二代、三代測序以及轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，對基因組組裝序列的連續(xù)性、準(zhǔn)確性、完整性和冗余性進(jìn)行評估的軟件。它可以生成包括序列長度、co...
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實(shí)測感覺是個單線程軟件，數(shù)據(jù)和基因組太大太慢了，依賴軟件也太多，有點(diǎn)雞肋
基因組評估軟件gaep
基因組評估軟件geap， GAEP是一款能夠基于二代、三代測序以及轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，對基因組組裝序列的連續(xù)性、準(zhǔn)確性、完整性和冗余性進(jìn)行評估的軟件。它可以生成包括序列長度、co...
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@花生學(xué)生信 檢索顯示有很多：http://www.itdecent.cn/p/dc8b5487282b，不過暫時沒用過
基因家族分析7 || 順式作用元件分析
第六部分暫時發(fā)現(xiàn)一點(diǎn)問題，改天補(bǔ)充~ 基因家族流程：基因家族分析（一）[http://www.itdecent.cn/p/34333a6d7c4e] 基因家族流程：基因家族...
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隨筆 | 推薦了解 | 一款持續(xù)更新了30多年的基因預(yù)測軟件 - GeneMark
最近做基因組數(shù)據(jù)分析多一些，這個是自然，現(xiàn)在可能三五萬就可以輕松搞定一個常規(guī)基因組（1G以下二倍體），后續(xù)可以分析，或者需要分析的內(nèi)容有很多，可以挖掘的故事也很多。自然而然也...
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「基因組」compleasm評估基因組和蛋白busco2023年10月3日李恒課題組在Bioinformatics在線發(fā)表了compleasm: a faster and more accurate reimplementati...
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「基因組」基因共線性可視化（待更新）軟件 1.JCVI2.NGenomeSyn3.synvisio在線工具：鏈接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.git...
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@光G 不需要刪掉。
「基因組」基因組分析之鑒定基因類型
基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運(yùn)而生，下游的生信或者實(shí)驗想知道關(guān)注...
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全基因組復(fù)制 WGD |（一）簡介
01 什么是全基因組復(fù)制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復(fù)制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因組內(nèi)的所有序列都發(fā)生重復(fù)，...
個人介紹
上百個動植物基因組組裝（華中農(nóng)已畢業(yè)的生物狗）的分析小經(jīng)驗~不定時記錄日常搬磚踩坑記錄~
學(xué)無止境，溫故而知新~說清楚問題，有問有回，禮貌的人才能得到回復(fù)
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