1.基本邏輯是利用orthofinder進(jìn)行全基因組水平家族基因鑒定（cafe5需要的輸入文件1，需要格式轉(zhuǎn)化）和物種進(jìn)化樹(shù)分析； 2.基于orthofinder進(jìn)化樹(shù)和序列...
IP屬地：廣東
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2025-12-01
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2025-11-24從fasta和gff文件中提取gDNA
1.從gff2bed awk'$3=="gene" {print $1 "\t" $4-1 "\t" $5 "\t" $9 "\t0\t" $7}' hap1.gff3 > ...
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2025-08-26提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本2
1.先提取最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本gff（conda install -c bioconda agat -y） perl ~/miniconda3/bin/agat_sp_keep_lon...
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2025-07-1學(xué)習(xí)vg使用1. 序列比對(duì)到圖基因組 vg map -m short -t 24 -x graph.xg -g graph.gcsa -f Sample40.1.fq.gz -f Sam...
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2025-07-04obsutil 下載華為云數(shù)據(jù)
下載文件夾： /public/home/kongweilong/Biosofts/obsutil/obsutil share-cp https://e-share.obs-w...
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2025-04-11GWAS顯著位點(diǎn)選擇
確定閾值分為了不同的流派。 第一種方法，Bonferroni矯正 這種方法應(yīng)用最多，一般是N表示參與分析的SNP的個(gè)數(shù)，閾值可以是： * 1/N * 0.05/N * 0.0...
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2024-09-27通過(guò)擬合線性回歸模型lm()實(shí)現(xiàn)代謝組數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的簡(jiǎn)單關(guān)聯(lián)
1. 代謝組數(shù)據(jù)示例（test_meta.txt） SampleID mws1401 A13 0.00 A16 0.00 A7 0.00 A17 0.00 A11 0.00 ...
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2024-08-07 從bam文件中calling特定基因區(qū)段的SNP變異
gatk --java-options "-Xmx185g -Djava.io.tmpdir=./tmp" HaplotypeCaller -R /public/home/k...
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2024-07-25 liunx系統(tǒng)技術(shù)歷史命令
建立一個(gè).inputrc文件夾 # /etc/inputrc - global inputrc for libreadline # See readline(3readlin...
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2024-07-23 contigs水平基因注釋轉(zhuǎn)化成染色體水平基因注釋
1. 原因：利用gmaps回帖基因，會(huì)損失和錯(cuò)誤很多，導(dǎo)致busco結(jié)果降低。所以可以直接基于掛載生成的agp文件直接進(jìn)行轉(zhuǎn)化，不損失任何基因。 #!/usr/bin/env...
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2024-07-03Mark一個(gè)很經(jīng)典的三維基因組學(xué)學(xué)習(xí)筆記
Mark一個(gè)很經(jīng)典的三維基因組學(xué)學(xué)習(xí)筆記 參考：https://geekdaxue.co/read/davey-brweo@xfltrm/ncf5i6
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2024-07-02染色體掛載推薦分析流程。
1. Hic數(shù)據(jù)mapping（Align Hi-C data to the assembly, remove PCR duplicates and filter out s...
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2024-06-24vcf clean
plink --vcf All.input.vcf --biallelic-only --recode vcf-iid --out input.clean --allow-e...
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2024-05-28關(guān)于甲基化定量的思考
問(wèn)題1.因?yàn)閃GBS測(cè)序的原理是亞硫酸鹽處理會(huì)使未甲基化的胞嘧啶（C）被轉(zhuǎn)化為脫氨基胞嘧啶（T），而甲基化的胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC）不受影響。然后通...
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2024-05-14 T2T數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
1.Bam2fq （by 森哥） 腳本如下： #!/usr/bin/perl =head1 Description ccsbam2fq.pl read BAM file of...
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2024-04-19linux設(shè)置命令基因
在家目錄上新建一個(gè).inputrc文件，內(nèi)容為： # do not bell on tab-completion #set bell-style none set meta-...
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2024-02-26關(guān)于SIFT4G鑒定有害突變的思考
SIFT4G軟件默認(rèn)假設(shè)參考基因組上的氨基酸序列是功能正常的，因此它的分析主要關(guān)注突變位點(diǎn)上的氨基酸替代對(duì)蛋白質(zhì)功能的可能影響。 SIFT4G會(huì)對(duì)給定的突變位點(diǎn)進(jìn)行分析，計(jì)算...
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2024-02-23 基因組組裝
利用Canu進(jìn)行組裝 canu -p YueC -d canu genomeSize=3g useGrid=false maxThreads=24 -pacbio-hifi ...