Entities must not be multiplied beyond necessity.如無必要，勿增實體?！W卡姆【中世紀哲學家】
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結：從fastq測序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table， 樣本群落距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進化樹及物種注釋信息的分析結果，為常規(guī)分析流程。...
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我不是很懂這個，應該圖層的分辨率應該是數(shù)據(jù)下載導入的時候定的，我這里下載的30s的，還可以下載2.5m,5m,10m分辨率的數(shù)據(jù)。
根據(jù)經(jīng)緯度獲取氣候因子 | Worldclim + ArcMap
工具準備 ArcGIS Desktop下載安裝 軟件的下載和安裝自行解決，可參考文末提供的參考資料。 Worldclim數(shù)據(jù)下載 可以從Worldclim官方網(wǎng)站上查找到歷史...
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
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基因組組裝----SOAPdenovo21.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測序得到raw reads序列。 (2) Reads質(zhì)量評估。 (3) 原始reads質(zhì)控。 (4) 選擇合適的參數(shù)...
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測序中加入Phix的作用
轉(zhuǎn)自http://www.zxzyl.com/archives/789 測序中加入Phix的作用 測序建庫的時候，會加入一定比例的Phix，那么Phix文庫有什么作用呢，我轉(zhuǎn)...
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16S擴增子之Vsearch使用
1.概覽 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.質(zhì)量控制（fastx_filter） 去冗余與聚類生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會變小
測序數(shù)據(jù)比對結果 BAM 文件用 samtools 進行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當時懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統(tǒng)計了一下原始...
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全基因組關聯(lián)分析
全基因組關聯(lián)分析 1.1 SNP 數(shù)據(jù)GWAS分析1.1.1 文件準備1.1.2 GWAS分析 emmax：gwas分析軟件tassel: gwas分析admixture:...
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Metabolic interaction models recapitulate leaf microbiota ecology
微生物形成和植物健康和0生態(tài)系統(tǒng)功能密切相關。在環(huán)境背景下決定物種豐度機制不清楚，由于在植物葉際資源可用有限性，了解微生物分布和代謝能力可以為猜測物種間相互作用的奉獻程度、植...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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擴增子分析：qiime2平臺全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是擴增子數(shù)據(jù)分析的最佳平臺之一，其提供...
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Gephi 官方手冊：一款關系可視化網(wǎng)絡圖工具的簡明教程Gephi 和網(wǎng)絡圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡圖工具：Gephi。 你可能沒聽過 Gephi，但說起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在這兩款的數(shù)...
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看這個描述說是沒有tab_table()函數(shù)，應該是沒加載對應的包。
phyloseq包的使用
參考資料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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R包ggseqlogo |繪制序列分析圖
簡介 在生物信息分析中，經(jīng)常會做序列分析圖（sequence logo），這里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA鏈中)或氨基酸(在蛋白質(zhì)序列中)。sequence logo圖...
