單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì) -
Prognostic potential of PRPF3 in hepatocellular carcinoma本文選自AGING，喜歡的也別下載閱讀了。就是一個(gè)字，特沒(méi)勁。 兄弟們，我又來(lái)整活了。介紹一個(gè)單基因研究的生信分析。 PRPF3這個(gè)玩意兒在多種腫瘤中的作用不言而喻，那么在肝...
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解憂小工具｜讓HPA驗(yàn)證你的結(jié)論，生信文章好幫手大家在閱讀文獻(xiàn)的時(shí)候，有沒(méi)有發(fā)現(xiàn)，一些偏生信分析的文章，研究方法里沒(méi)有寫(xiě)免疫組化的相關(guān)實(shí)驗(yàn)材料及信息，結(jié)果里卻又有很好的免疫組化蛋白驗(yàn)證，作者通過(guò)免疫組化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證蛋白的表達(dá)水...
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醫(yī)學(xué)博士需要掌握的10萬(wàn)個(gè)為什么之1---什么是WGCNA 分析
WGCNA 分析 基本概念 WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module)，并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系，以及網(wǎng)絡(luò)中...
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MultiQC軟件的安裝運(yùn)行及對(duì)數(shù)據(jù)質(zhì)量做出評(píng)價(jià)一.conda安裝multiqc軟件 1.安裝conda 2.安裝python2環(huán)境 3.用conda安裝multiqc軟件 4.查看multiqc是否安裝成功 multiq...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
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轉(zhuǎn)錄組分析流程概述轉(zhuǎn)錄組分析總體流程如圖所示，主要分為上游分析（原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、比對(duì)、組裝、定量），下游分析（差異分析、富集分析）和高級(jí)分析（共表達(dá)分析、GSEA、時(shí)序性分析等）。整個(gè)流程圖...
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主成分分析(PCA)及其可視化的基礎(chǔ)指南主成分分析(PCA)及其可視化的基礎(chǔ)指南 后臺(tái)很多同學(xué)私信想學(xué)習(xí)一下主成分分析(PCA),今天就簡(jiǎn)單寫(xiě)一下。之后有看到文章再實(shí)戰(zhàn)復(fù)現(xiàn)。 主成分分析（PCA）是一種將數(shù)據(jù)降維技...
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主成分分析（PCA）& 主坐標(biāo)分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點(diǎn)圖）導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無(wú)監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過(guò)線性變換將原始...
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[R語(yǔ)言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA）本期內(nèi)容為[R語(yǔ)言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA） 主成分分析：PCA（Principal Component Analysis）是一種常用的數(shù)據(jù)分析方法。...
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主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語(yǔ)言）
R語(yǔ)言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個(gè)老師在整理文章數(shù)據(jù)，由于分組較多，想展示PCA圖，說(shuō)明不同分組的差異，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素，想做的好...
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【數(shù)據(jù)降維與聚類】 之 主成分分析（PCA）及可視化 “全網(wǎng)最詳細(xì)！！”教程
首先，必須說(shuō)明，PCA總體來(lái)說(shuō)是主觀的，二維不行的時(shí)候上三維。 那么先簡(jiǎn)單看一下PCA是什么 PCA是使用最廣泛的數(shù)據(jù)降維算法之一，利用降維思想，把多個(gè)指標(biāo)轉(zhuǎn)換成少數(shù)幾個(gè)綜合...
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R語(yǔ)言繪圖 | 兩組或多組GO/KEGG富集結(jié)果氣泡圖原文鏈接：兩組或多組GO/KEGG富集結(jié)果氣泡圖繪制(點(diǎn)擊鏈接)[https://mp.weixin.qq.com/s/MDGhpZKvrj9shfS6XtvX9Q] 復(fù)現(xiàn)圖...
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WGCNA文檔使用教程本文是對(duì)WGCNA英文說(shuō)明文檔的翻譯，英文的請(qǐng)查看這里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—DEseq2差異分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的之一，就是探索組間顯著表達(dá)變化的基因——差異表達(dá)基因。那么，如何基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的定量表達(dá)值，識(shí)別差異表達(dá)變化的基因或其它非編碼RNA分子呢？DESeq2是...
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RECORD MY GRADUATION THESIS: 生態(tài)環(huán)境中的小可愛(ài)_枝角類_201905于獅子山-3第三章 隆線溞不同生殖個(gè)體間RNA-seq與miRNA-seq分析 3.1 前言 隆線溞（Daphnia carinata）隸屬節(jié)肢動(dòng)物門(mén)（Arthropoda）、甲殼綱（C...
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一文講完葉綠體基因組比較分析的全部軟件和配套ggplot繪圖腳本前段時(shí)間，發(fā)表了一篇葉綠體基因組比較分析文章。盡管這類套路文已經(jīng)不再熱門(mén)，但在準(zhǔn)備數(shù)據(jù)分析的過(guò)程中，仍感各種資料教程之零散，各種文章的做圖工具也是令人眼花繚亂。故此，列出個(gè)人...
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BLAST（2.12.0+）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendic...
