@云巔之上 聽起來沒什么問題
基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個基因?qū)?yīng)的最長編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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IP屬地：上海
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@踏水無痕 R語言
基因家族擴張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”，一切的一切都從深海熱液開始。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境，生物體需要不斷且緩慢地改變自己。46億年的演化，基因...
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Bismark（0.22.3）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯誤請指出，我立刻改正！ 官方說明：https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
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@8afb6e8d9a86 是的。除非分步運行，不過這樣很復(fù)雜
multiple whole genome alignment
寫在前面：在上億年的進(jìn)化歷程中，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變、插入、缺失到大的基因缺失、重復(fù)、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移?；蚪M比對可以通過比對序列中的同源區(qū)域...
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提取最長轉(zhuǎn)錄本ID是用的R語言
基因家族擴張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”，一切的一切都從深海熱液開始。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境，生物體需要不斷且緩慢地改變自己。46億年的演化，基因...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個基因?qū)?yīng)的最長編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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基因家族擴張收縮分析-提取基因?qū)?yīng)的最長轉(zhuǎn)錄本
寫在前面：根據(jù)“白煙囪假說”，一切的一切都從深海熱液開始。從最初的單細(xì)胞生物到如今繁雜的世界，為了適應(yīng)不斷變化的外界環(huán)境，生物體需要不斷且緩慢地改變自己。46億年的演化，基因...
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RCircos包的使用參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
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我寫了一個程序，你可以看看是否可以解決問題
http://www.itdecent.cn/p/df132ac7af0c?v=1675822184624基因家族分析 | 預(yù)測基因家族收縮與擴張（orthofinder，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)...
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基因家族擴張收縮分析-cafe結(jié)果可視化-cafe4cafe自帶的程序，只能單獨標(biāo)注擴增或者收縮的基因家族數(shù)。手工標(biāo)注又很麻煩，所以我寫了一個R程序，雖然圖不夠精致，不過基本解決問題。 cafe_node_filename: ...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴張收縮分析中，基于單個物種的的擴張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個祖先節(jié)點的擴張收縮分析情況，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時...
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比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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在線GO功能注釋分析
在線GO功能注釋分析——私人經(jīng)典總結(jié)三 原創(chuàng)生物醬生物醬2020-03-12 14:48 今天給大家介紹第三個GO在線分析網(wǎng)站：PANTHER 我感覺這是一個神奇的網(wǎng)站，昵稱...
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【比較基因組】基因家族擴張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder，這個參考前面一個帖子。然后今天我們主要來測試CAFE。 安裝也比較簡單： 下載安裝包之后 https:...
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mcmctree估算物種分歧時間基因序列中的密碼子隨著時間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個物種時間的遺傳距離與物種分歧時間成正比。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時間做一...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新，文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上，在網(wǎng)上搜了一圈，關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的，這周就借此機會和大家一起來學(xué)...
