由于基因表達(dá)跟細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)具有時間差，所以要根據(jù)經(jīng)驗具體情況具體分析，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類動物B細(xì)胞的分化過程主要可分為前B細(xì)胞、不成熟B細(xì)胞、 成熟B細(xì)胞、活化B...
發(fā)簡信
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】人類B細(xì)胞亞群分析Marker基因匯總 -
單細(xì)胞分析識別控制B細(xì)胞發(fā)育和轉(zhuǎn)化的動態(tài)基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
2021年11月25日，美國明尼蘇達(dá)大學(xué)實驗室醫(yī)學(xué)和病理學(xué)系的研究人員在Nature Communications雜志上發(fā)表了“Single-cell analysis id...
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單細(xì)胞seurat學(xué)習(xí)筆記計算各個cluster的細(xì)胞數(shù)繪制堆疊條形圖
計算各個cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對應(yīng)每個cluster對應(yīng)的細(xì)胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計算每個細(xì)胞類型的細(xì)胞...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細(xì)梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，不負(fù)韶華。 這一篇還是想詳細(xì)梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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LOH雜合性缺失簡介
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ LOH全稱Loss of heterozygosity， 中文名叫做雜合性缺失。 以human為例，正常體細(xì)胞中有兩個染色體組，一對等位基因的al...
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OS/PFS/PFI/DFS/DFI/DSS各種生存指標(biāo)定義
OS 總體生存期： Overall Survival 定義： 結(jié)局指標(biāo)是死亡時間，這個死亡是任何原因?qū)е碌乃劳龆妓氵M(jìn)去，只關(guān)心是否死亡，不關(guān)心因為何種原因死亡。優(yōu)點(diǎn) ： 能比...
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用clusterProfiler進(jìn)行GSEA分析
****今天來關(guān)注如何使用clusterProfiler系列包來分析GSEA** 導(dǎo)入包，導(dǎo)入數(shù)據(jù) 今天比昨天多導(dǎo)入了一個ReactomePA包，這個包也是Y叔開發(fā)用來分析R...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，F(xiàn)ind...
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R語言目錄及文件操作
1.查看目錄與文件 2.檢查目錄和文件 用file_test()可以判斷是一個目錄還是文件： 3.創(chuàng)建目錄和文件 創(chuàng)建目錄使用dir.create()當(dāng)創(chuàng)建多級目錄時，令re...
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生信星球小練習(xí)—批量讀取10X數(shù)據(jù)劉小澤寫于2020.8.13主要分為兩個部分：前面用linux處理，后面用R處理 下載數(shù)據(jù) 選用的10X測試數(shù)據(jù)是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/...
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用Read10X函數(shù)時報錯Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
用Read10X函數(shù)時報錯Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.g...
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基因ID轉(zhuǎn)換方法總結(jié)1. clusterProfiler包，bitr()轉(zhuǎn)換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個功能強(qiáng)大的R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO...
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Transcript ID（ENST/ENSMUST/NM_123456）轉(zhuǎn)換為gene ID（ENSG/ENSMUSG/Gene ID）和Gene name/Symbol----前不久拿到公司給的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果，Gene ID是以ENMUST開頭，查了一下，ENST為EMBL 核酸數(shù)據(jù)庫中人類的轉(zhuǎn)錄本ID，ENMUST為鼠的轉(zhuǎn)錄本ID。一般我...
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單細(xì)胞小提琴圖+箱型圖做單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的時候，我們經(jīng)常會用小提琴圖來展示一些marker在不同細(xì)胞亞群中的表達(dá)情況。R的Seurat包中就有一個函數(shù)叫VlnPlot，專門用來畫小提琴圖的。 我們來...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）–使用maftools讀取和匯總gistic輸出文件（三）讀取和匯總gistic輸出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）--Gistic 2.0在線分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析講了如何整理好Copy Number Segment 數(shù)據(jù)，這次我們使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）數(shù)據(jù)整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數(shù)據(jù)-----解壓后進(jìn)行處理 marker file數(shù)據(jù)下載和處...