這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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一文解決Cellphonedb單細(xì)胞互作分析及可視化作圖（1）CellPhoneDB作為出鏡率很高的細(xì)胞互作分析工具，也是大家公認(rèn)的。網(wǎng)上有很多教程，按理說在自己單細(xì)胞系列也應(yīng)該出一個(gè)教程，但是由于CellPhoneDB是基于pytho...
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三大經(jīng)典在線生存分析工具測評導(dǎo)讀 在腫瘤相關(guān)研究中，一張精美的生存分析圖，已經(jīng)成了腫瘤研究高分文章的標(biāo)配。好的臨床預(yù)后效果，往往在一定程度上決定了文章發(fā)表的層次。然而對剛剛拿到一個(gè)新基因的新手來說，生存...
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TCGA癌癥類型和樣本代號解析之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑。 這里給出兩份資料，一份是TCGA官方英文介紹，鏈接為https://wiki....
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10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析之表征細(xì)胞狀態(tài)和生態(tài)型（EcoTyper示例代碼）隔離的第四天，一個(gè)人的日子總是很難熬，孤獨(dú)的生活卻總是來到我的身邊，這一篇我們來分享EcoTyper的示例代碼，幫助我們來尋找細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄狀態(tài)和共關(guān)聯(lián)模式。這篇發(fā)表于cel...
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10X單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析之表征細(xì)胞狀態(tài)和生態(tài)型（EcoTyper）隔離的第三天，一個(gè)人的日子總是很難熬，沒辦法，孤獨(dú)總是常伴我身，今天我們分享的文獻(xiàn)在Atlas of clinically distinct cell states and ...
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@Bethmont 正常的p值經(jīng)過fdr或者bh校正后就是bh值，它也是我們常說的padj或fdr，q值通常不在我們的考慮范圍內(nèi)，我們考慮一般是 是否拒絕原假設(shè)
生物節(jié)律之metacycle和cosinor分析（1）
1.JTK 使用metacycle包進(jìn)行JTK的分析，其實(shí)metacycle包中可選的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
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@夜闌聽雨_fa72 好像只能兩組
生物節(jié)律之metacycle和cosinor分析（1）
1.JTK 使用metacycle包進(jìn)行JTK的分析，其實(shí)metacycle包中可選的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
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@yangzn1027 意義不大，后續(xù)計(jì)算的值都是基于振蕩的情況下算的，但考慮到顯著性與樣本數(shù)量和采樣密集程度關(guān)系很大，在樣本量少或者采樣不密集時(shí)也可以簡單看下
生物節(jié)律之cosinor分析——終極R包c(diǎn)ircacompare（5）
前面我們已經(jīng)介紹了cosinor差異分析最常用的兩個(gè)包：cosinor和cosinor2包，這兩個(gè)包其實(shí)已經(jīng)做得非常好了，就是還有一點(diǎn)點(diǎn)缺陷，下面一起來看看它們的缺陷： 1....
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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ChIP-Seq分析
Introduction to ChIP-Seq using high-performance computing https://hbctraining.github.io...
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CHIPseq流程1. 環(huán)境配置 2. 數(shù)據(jù)下載 (1)prefetch下載 首先找到要下載的數(shù)據(jù)（SRR...號）創(chuàng)建project文件夾 利用chipseq環(huán)境中prefetch 軟件進(jìn)行...
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基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)，學(xué)習(xí)生信分析中
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第3篇：用MACS2軟件call peaks學(xué)習(xí)目標(biāo)： 學(xué)會(huì)用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結(jié)果 Peak Calling Peak calling即利用計(jì)算的方法找出ChIP...
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Bulk RNA-Seq 差異表達(dá)分析流程以前寫過不少零散的 RNA-Seq 分析文章，現(xiàn)在整理為流程，同時(shí)修改一些錯(cuò)誤。流程包含質(zhì)控、比對、定量、差異分析。 前處理 拿到原始 fastq 數(shù)據(jù)先進(jìn)行前處理。前處理包...
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煉丹女巫（史稱道姑）精分在生活外的閑散人格
