發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(二):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文件的讀入及Seurat對(duì)象構(gòu)建
分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的軟件和方法有很多，最流行的莫過于Seurat包，可以完成單細(xì)胞分析整個(gè)流程，我們整個(gè)教程也是基于R語(yǔ)言Seurat包來實(shí)現(xiàn)的，所以首先安裝包： 單細(xì)胞文...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析六：偽時(shí)間分析
本文是參考學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析六：偽時(shí)間分析[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474837...
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單細(xì)胞36計(jì)之18擒賊擒王---單細(xì)胞與空間轉(zhuǎn)錄組整合第十八計(jì)擒賊擒王作戰(zhàn)要先擒拿主要敵手。比喻做事要抓關(guān)鍵。 與scRNA-seq參考整合 為了促進(jìn)Slide-seq數(shù)據(jù)集的細(xì)胞類型注釋，我們利用了由Saunders *，Ma...
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使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分化發(fā)育軌跡推斷的算法，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上。Palantir將細(xì)胞分化模擬為一個(gè)隨機(jī)的過程...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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空間轉(zhuǎn)錄組第七講：多樣本合并、marker基因分析前面介紹了利用Seurat對(duì)10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個(gè)樣本進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個(gè)空間轉(zhuǎn)錄組樣本，同時(shí)進(jìn)行聚類和分析marker基因。跟單細(xì)胞...
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單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞分析類似，不可避免的會(huì)遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析(Merge合并) 單細(xì)胞空間...
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不同單細(xì)胞群之間的相關(guān)性分析單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：軌跡分析PAGAScanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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Scanpy可視化函數(shù)匯總Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞之軌跡分析-4：scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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單細(xì)胞之軌跡分析-5：slingshot軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)031--[sc+st]時(shí)空轉(zhuǎn)錄組揭示病毒性心肌炎的發(fā)病機(jī)制1. Single-cell and spatial transcriptomics of reovirus T1L-infected neonatal mice heart...
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如果你是程序員，或者有一顆喜歡寫程序的心，喜歡分享技術(shù)干貨、項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)、程序員日常囧事等等，歡迎投稿《程序員》專題。 專題主編：小彤花園 http://www.itdecent.cn/users/4a4eb4feee62/ 【程序員】專題拒稿指北：http://www.itdecent.cn/p/7c8b33b5f63b 投稿須知： 1.收錄相關(guān)技術(shù)文章，但不限于技術(shù)，也可以是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)類的文章和程序員日常。 2.文章內(nèi)不得有任何推廣信息。包括但不限于公眾號(hào)、微博、微信，更不得在通過投稿后再修改文章加入推廣信息。你可以將這些推廣以及個(gè)人信息放在個(gè)人主頁(yè)介紹里。 3.字?jǐn)?shù)極少，段落混亂，大段代碼沒有放到代碼框的文章不收錄 4.不相關(guān)的內(nèi)容不收錄，請(qǐng)確認(rèn)文章內(nèi)容和本專題相關(guān) 目前針對(duì)優(yōu)質(zhì)作者及愛好者，開設(shè)了官方程序員微信群，希望加入請(qǐng)發(fā)簡(jiǎn)信給主編小彤花園索取個(gè)人微信，主編會(huì)將你加入到【程序員】微信群，分享內(nèi)容，收獲知識(shí)。添加微信時(shí)備注昵稱。
