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跟著Cell學(xué)單細胞轉(zhuǎn)錄組分析(二):單細胞轉(zhuǎn)錄組測序文件的讀入及Seurat對象構(gòu)建
分析單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的軟件和方法有很多，最流行的莫過于Seurat包，可以完成單細胞分析整個流程，我們整個教程也是基于R語言Seurat包來實現(xiàn)的，所以首先安裝包： 單細胞文...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析六：偽時間分析
本文是參考學(xué)習單細胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析六：偽時間分析[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzMwNDQ2MA==&mid=22474837...
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單細胞36計之18擒賊擒王---單細胞與空間轉(zhuǎn)錄組整合第十八計擒賊擒王作戰(zhàn)要先擒拿主要敵手。比喻做事要抓關(guān)鍵。 與scRNA-seq參考整合 為了促進Slide-seq數(shù)據(jù)集的細胞類型注釋，我們利用了由Saunders *，Ma...
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使用Palantir進行單細胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對單細胞測序數(shù)據(jù)進行分化發(fā)育軌跡推斷的算法，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上。Palantir將細胞分化模擬為一個隨機的過程...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Scanpy-多樣本整合和Seurat一樣，Scanpy也提供了多樣本空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial...
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空間轉(zhuǎn)錄組第七講：多樣本合并、marker基因分析前面介紹了利用Seurat對10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)單個樣本進行數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維、聚類分析。今天來繼續(xù)分享怎么整合多個空間轉(zhuǎn)錄組樣本，同時進行聚類和分析marker基因。跟單細胞...
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單細胞空間轉(zhuǎn)錄分析之Seurat-多樣本整合（淺談空間批次）單細胞空間轉(zhuǎn)錄組和單細胞分析類似，不可避免的會遇到多樣本的問題，這就需要使用多樣本整合分析策略Seurat提供了多張切片（slices）整合分析(Merge合并) 單細胞空間...
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不同單細胞群之間的相關(guān)性分析單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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Scanpy分析單細胞數(shù)據(jù)：軌跡分析PAGAScanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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Scanpy可視化函數(shù)匯總Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.itdecent.cn/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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單細胞亞群差異基因火山圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細胞之軌跡分析-4：scVelo軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細胞之軌跡分析-2：mono...
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單細胞之軌跡分析-5：slingshot軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細胞之軌跡分析-2：mono...
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文獻學(xué)習031--[sc+st]時空轉(zhuǎn)錄組揭示病毒性心肌炎的發(fā)病機制1. Single-cell and spatial transcriptomics of reovirus T1L-infected neonatal mice heart...
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