記錄一下構(gòu)建貝葉斯樹的過(guò)程，主要記一下利用jModelTest軟件計(jì)算最佳核苷酸替代模型，用于指導(dǎo)后續(xù)貝葉斯樹的構(gòu)建。原理學(xué)習(xí)：jModelTest 2: more mode...
IP屬地：廣東
-
jModelTest計(jì)算核苷酸替代模型 -
文件行終止符不同引起字符統(tǒng)計(jì)異常（CRLF，LF）
沒(méi)想到本地保存的fasta文件上傳到linux上還會(huì)引起一些額外的字符統(tǒng)計(jì)。一開始我以為是我本地弄錯(cuò)了，又重新跑了一遍獲得fasta文件的過(guò)程，也去blast比對(duì)了，blas...
-
tmhmm 2.0的安裝與使用TMHMM是用于識(shí)別蛋白跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域的軟件，有在線工具TMHMM 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services[https:/...
-
我在帖子里貼了下載鏈接呀
SCENIC feather文件下載記錄
最近在學(xué)習(xí)SCENIC來(lái)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子活性。在下載這步就卡住了。教程里需要下載好所需的feather文件 根據(jù)教程在RStudio中運(yùn)行，然后再運(yùn)行如下代碼進(jìn)行下載：ge...
-
您好，我現(xiàn)在跟著您的代碼跑還是跑不通，請(qǐng)問(wèn)怎么找穩(wěn)定的host呀
biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時(shí) 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進(jìn)行，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報(bào)錯(cuò)： 看了下bioconduct上管理員還是誰(shuí)回復(fù)的說(shuō)是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人，導(dǎo)致速度變...
-
我也不知道咋回事，可能跟網(wǎng)絡(luò)質(zhì)量有關(guān)吧
SCENIC feather文件下載記錄
最近在學(xué)習(xí)SCENIC來(lái)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子活性。在下載這步就卡住了。教程里需要下載好所需的feather文件 根據(jù)教程在RStudio中運(yùn)行，然后再運(yùn)行如下代碼進(jìn)行下載：ge...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
-
細(xì)胞通訊Domino記錄Domino算法是由Jennifer H. Elisseeff[https://www.nature.com/articles/s41551-021-00770-5#auth...
-
SCENIC feather文件下載記錄
最近在學(xué)習(xí)SCENIC來(lái)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子活性。在下載這步就卡住了。教程里需要下載好所需的feather文件 根據(jù)教程在RStudio中運(yùn)行，然后再運(yùn)行如下代碼進(jìn)行下載：ge...
-
DiffBand結(jié)果差異peaks的width為什么是401？
為什么DiffBand分析所得的差異peaks長(zhǎng)度都是401？這個(gè)問(wèn)題一直沒(méi)找到答案，跟別人的帖子跑的，發(fā)現(xiàn)教程的例子peaks的長(zhǎng)度不是固定的，找了一些發(fā)表的文章中的附表，...
-
您好，想請(qǐng)教一下idr的結(jié)果該怎么解讀呢？比如我分析我的樣本通過(guò)IDR≤0.05的比例是44%，那可以說(shuō)這兩個(gè)樣本間重復(fù)性好嗎？也就是判斷樣本重復(fù)性的標(biāo)準(zhǔn)是什么。 謝謝！
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計(jì)算插入片段長(zhǎng)度，F(xiàn)RiP，IDR值與deeptools可視化
這里是佳奧！ 2022年的最后一天，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)！ 1 計(jì)算插入片段長(zhǎng)度 非冗余非線粒體能夠比對(duì)的fragment、比對(duì)率、NRF、PBC1、PBC2、p...
-
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計(jì)算插入片段長(zhǎng)度，F(xiàn)RiP，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)！ 1 計(jì)算插入片段長(zhǎng)度 非冗余非線粒體能夠比對(duì)的fragment、比對(duì)率、NRF、PBC1、PBC2、p...
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
-
-
protocol-使用CRISPR-Cas9系統(tǒng)進(jìn)行基因編輯（一）Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system 最近要開始學(xué)習(xí)CRISPR-Cas9實(shí)驗(yàn)，對(duì)著動(dòng)輒幾十頁(yè)的說(shuō)明，實(shí)在是看不下去...
-
我也遇到了，一直顯示個(gè)在加載的進(jìn)度條
GREAT網(wǎng)頁(yè)版學(xué)習(xí)筆記（預(yù)測(cè)順式調(diào)控元件）
參考文章：1.使用GREAT對(duì)peak進(jìn)行功能注釋2.用網(wǎng)頁(yè)版工具GREAT來(lái)對(duì)CHIP-seq的peaks進(jìn)行下游功能分析 前幾天老板心血來(lái)潮，在視頻里教給我一個(gè)軟件的使用...
-
你好，請(qǐng)問(wèn)注釋完生成的結(jié)果中V4，V5到V10這幾列數(shù)值分別代表什么呢？
使用ChIPseeker對(duì)找到的peaks文件進(jìn)行注釋
from Jimmy 讀入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性質(zhì) ChIP Peaks over Chromoso...
