三維基因組學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)與前沿進(jìn)展
IP屬地：北京
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進(jìn)行DESeq2差異表達(dá)分析和基于R的多種可視化測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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最近不常登陸簡(jiǎn)書，若評(píng)論問(wèn)題沒(méi)有及時(shí)回復(fù)，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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生物信息學(xué)知識(shí)
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你是如何查看電腦里有幾個(gè)版本的R
Rstudio一片空白怎么辦？
R軟件差不多半年就能出款新的，有的包只能在更新的版本上使用，所以嘗試了一下更新R。R不同版本相當(dāng)于獨(dú)立的軟件，電腦上允許同時(shí)有多個(gè)版本的R。下載只要在默認(rèn)路徑下安裝，Rstu...
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北京中醫(yī)藥大學(xué)博士，一個(gè)會(huì)科研的中醫(yī)大夫
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Rstudio一片空白怎么辦？R軟件差不多半年就能出款新的，有的包只能在更新的版本上使用，所以嘗試了一下更新R。R不同版本相當(dāng)于獨(dú)立的軟件，電腦上允許同時(shí)有多個(gè)版本的R。下載只要在默認(rèn)路徑下安裝，Rstu...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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GEO數(shù)據(jù)挖掘
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單細(xì)胞技術(shù)，分析方法
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質(zhì)控，組裝，預(yù)測(cè)，注釋，比較，進(jìn)化一條龍
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"科研菌"團(tuán)隊(duì)每天為您提供高質(zhì)量的原創(chuàng)科研論文精讀、期刊投稿、資源分享和文章；每天一篇文章深度剖析，給您更開(kāi)闊的科研思路。
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
