劉小澤寫于2020.8.5今天跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象 1 前言 內(nèi)容來自：https://bioconductor.org/packages/release...
發(fā)簡(jiǎn)信
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跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象 -
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR前面的學(xué)習(xí)筆記里，對(duì)于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包進(jìn)行的。前幾天在一次偶然的機(jī)會(huì)里，有幸和一個(gè)專門做生信的老外聊了聊（紐約某校的PI），從他那里聽說...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇著，所以呢，給自己找點(diǎn)事做，本人93年，單身，現(xiàn)居天津武清，女孩子有沒有想談戀愛了，可以聯(lián)系我，...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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使用htseq-count進(jìn)行定量分析和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語言進(jìn)行開發(fā)，集成在HTseq這個(gè)包中。 對(duì)于pyth...
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FindVariableFeatures
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
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系統(tǒng)發(fā)育常見軟件與在線工具合集
本篇文章是為了記錄本人在系統(tǒng)發(fā)育實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析過程中，所使用過的以及部分未使用但如雷貫耳的軟件的集合。當(dāng)然，相對(duì)于整個(gè)系統(tǒng)發(fā)育軟件之汪洋大海，此處不過一滴水！ 1. 數(shù)據(jù)獲取...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
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統(tǒng)計(jì) | 結(jié)合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb庫 enrichGO默認(rèn)gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的類型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通過參數(shù)keyType指定。 ge...
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測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和預(yù)處理之fastp
1. 引言 下機(jī)的FASTQ數(shù)據(jù)通常需要進(jìn)行質(zhì)控和預(yù)處理，以保證下游分析輸?shù)臏?zhǔn)確性。fastp軟件僅掃描數(shù)據(jù)文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
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「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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Mash: 使用MinHash快速估算基因距離
工具介紹 Mash擴(kuò)展了MinHash降維技術(shù)，使其成對(duì)的突變距離和P值顯著性檢驗(yàn)，從而可以有效地聚類和搜索大量序列集合?；齑顚⒋笮蛄泻托蛄屑€原為較小的代表性草圖，進(jìn)而可以...
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所以2025年了，數(shù)學(xué)功底加強(qiáng)了嗎??
計(jì)算分子進(jìn)化-搞懂PAML的正選擇分析
許多基因組的文章里都會(huì)提到使用PAML進(jìn)行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進(jìn)行分析。無論是文章，還是教程，大多只...
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Mouse Genome Informatics（MGI）：小鼠基因組信息數(shù)據(jù)庫MGIMouse Genome Informatics（MGI） 網(wǎng)址： http://www.informatics.jax.org/[http://www.informatic...
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日常搬磚
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走向基因組3D世界 ——染色體構(gòu)想捕獲技術(shù)3C(chromosome conformation capture)
在過去10年中，染色體構(gòu)象捕獲（chromosome conformation capture 3C）技術(shù)及其該技術(shù)的拓展技術(shù)(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人...
