一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)， 內(nèi)容構(gòu)成，對(duì)象的調(diào)用、操作，常見(jiàn)函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
作者：Jenny審稿：童蒙編輯：amethyst ChromHMM是2012年由來(lái)自麻省理工學(xué)院布羅德研究所和美國(guó)馬薩諸塞州劍橋市哈佛大學(xué)Jason Ernst和Manoli...
劉小澤寫(xiě)于2020.8.5今天跟著官方文檔來(lái)看看GRanges這個(gè)對(duì)象 1 前言 內(nèi)容來(lái)自：https://bioconductor.org/packages/release...
前面的學(xué)習(xí)筆記里，對(duì)于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包進(jìn)行的。前幾天在一次偶然的機(jī)會(huì)里，有幸和一個(gè)專門(mén)做生信的老外聊了聊（紐約某校的PI），從他那里聽(tīng)說(shuō)...
1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見(jiàn)的物種，是自己組裝出來(lái)的多倍體物種，因此沒(méi)法用已有的BSgenome參考基因組，...
hello，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇著，所以呢，給自己找點(diǎn)事做，本人93年，單身，現(xiàn)居天津武清，女孩子有沒(méi)有想談戀愛(ài)了，可以聯(lián)系我，...
一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語(yǔ)言進(jìn)行開(kāi)發(fā)，集成在HTseq這個(gè)包中。 對(duì)于pyth...
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
本篇文章是為了記錄本人在系統(tǒng)發(fā)育實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，所使用過(guò)的以及部分未使用但如雷貫耳的軟件的集合。當(dāng)然，相對(duì)于整個(gè)系統(tǒng)發(fā)育軟件之汪洋大海，此處不過(guò)一滴水！ 1. 數(shù)據(jù)獲取...
寫(xiě)在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了。不過(guò)我一直并沒(méi)有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹(shù)的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)確，我會(huì)在服務(wù)器上使用RaxM...
OrgDb庫(kù) enrichGO默認(rèn)gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的類型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通過(guò)參數(shù)keyType指定。 ge...
1. 引言 下機(jī)的FASTQ數(shù)據(jù)通常需要進(jìn)行質(zhì)控和預(yù)處理，以保證下游分析輸?shù)臏?zhǔn)確性。fastp軟件僅掃描數(shù)據(jù)文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
工具介紹 Mash擴(kuò)展了MinHash降維技術(shù)，使其成對(duì)的突變距離和P值顯著性檢驗(yàn)，從而可以有效地聚類和搜索大量序列集合。混搭將大序列和序列集還原為較小的代表性草圖，進(jìn)而可以...
所以2025年了，數(shù)學(xué)功底加強(qiáng)了嗎??
計(jì)算分子進(jìn)化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會(huì)提到使用PAML進(jìn)行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進(jìn)行分析。無(wú)論是文章，還是教程，大多只...
Mouse Genome Informatics（MGI） 網(wǎng)址： http://www.informatics.jax.org/[http://www.informatic...
