1 介紹 基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序，并在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。 基于全基因組重測序技術，人們期望快速進行資源普查篩選，尋找到...
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基因組重測序SNP_calling -
全基因組重測序流程【超細致！！】
自己在研究生的第一個項目就是處理重測序數據，在做的過程中參考了很多資料，現在把整個重測序的上游分析流程分享給大家，一些關鍵環(huán)節(jié)已經幫大家踩過坑了，相信跟著學習實踐一定能夠收獲...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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Beast系統(tǒng)發(fā)育關系和分化時間的估算(上)以下內容參考了同研究組師弟整理的筆記、和網絡資源：Beast v1.8簡易手冊-修訂版 · 語雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，也是多響應變量（multi-...
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基于blast進行GO功能注釋
目前GO注釋主要分為兩種方法，其一，序列相似性即blast，其二，結構域相似性比對（InterProsScan），該方法在前面也提及過，本文就blast進行簡要概述 所需文件...
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使用EGGNOG-Mapper對非模式物種快速進行GO或KEGG注釋對于非模式物種，需要做GO或KEGG富集，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對你的物種序列進行快速注釋。在注釋結果文件中，可以同時獲得序列映射上的GO號或KO號，直接提...
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基因功能注釋-eggnog mapper目前最好用、最完整的功能注釋軟件是 eggnog-mapper。新版本包括基因組和功能數據庫的全面更新，以及效率增強和幾個新功能。 從原始重疊群進行從頭基因預測 成對直系同源...
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R語言做單倍型網絡（haplotype network）的一個小例子這個例子來源于一篇plos的論文 論文題目是 A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations usin...
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動物線粒體基因組注釋軟件MITOS2安裝與使用
MITOS2可用于注釋后生動物以及真菌等線粒體基因組注釋，主要注釋線粒體18個核心基因（atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
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跟著Nature Communications學作圖：R語言ggplot2做堆積柱形圖展示群體基因組學的結果論文 Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a...
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跟著春晚學配色：R語言ggplot2作圖好看的春晚配色大年三十晚上全程看完了春晚，雖然節(jié)目很爛，還是全程堅持看完了，《國色》那個節(jié)目還是很驚艷的，如果去掉唱歌的環(huán)節(jié)，可以給打十分。今天的推文我們把其中的配色摘下來，可以試著用在我...
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7. Blast2Go2019.12.4 https://www.blast2go.com 不知道為啥我的注冊碼激活不了，試了很久，都不行，哎。出現Please use the OmicsBox ...
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一個輕量級繪制熱圖的R包-HeatmapR
目前R中繪制熱圖的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，這里再給大家介紹一個輕量級的R包-HeatmapR包，即無需過多的前期數據處理，可同...
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重測序分析（15）GWAS分析實操（1）gwas_emmax介紹如何使用SNP數據進行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數據準備 vcf文件：all_snp.vc...
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pak包：一條指令解決包的安裝問題，支持CRAN，Bioconductor和Github，還支持自動更新R語言有很多強大的包，而且各種包之間還相互依賴，尤其是CRAN和Bioconductor還經常相互依賴，但是安裝指令卻不一樣，再比如Github上的包，有時候更新的話還要重新...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數量性狀表現出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關聯性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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bayenv2.0 檢測環(huán)境相關變異位點bayenv是一種貝葉斯方法，通過檢測等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來識別適應當地環(huán)境的位點。該方法可以從一組基因組變異中估計種群之間...
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R可視化——ggplot2繪圖過程中如何實現軸截斷？繪制基礎圖形 1、加載繪圖包——這里主要用到基礎繪圖包ggplot2和主題設置包ggprism。 2、數據——使用函數rnorm()隨機生成作圖數據，大家也可以將自己的數據導...