1 介紹 基因組重測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序，并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。 基于全基因組重測(cè)序技術(shù)，人們期望快速進(jìn)行資源普查篩選，尋找到...
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基因組重測(cè)序SNP_calling -
全基因組重測(cè)序流程【超細(xì)致??！】
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測(cè)序數(shù)據(jù)，在做的過程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個(gè)重測(cè)序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過坑了，相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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Beast系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和分化時(shí)間的估算(上)以下內(nèi)容參考了同研究組師弟整理的筆記、和網(wǎng)絡(luò)資源：Beast v1.8簡(jiǎn)易手冊(cè)-修訂版 · 語雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，也是多響應(yīng)變量（multi-...
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基于blast進(jìn)行GO功能注釋
目前GO注釋主要分為兩種方法，其一，序列相似性即blast，其二，結(jié)構(gòu)域相似性比對(duì)（InterProsScan），該方法在前面也提及過，本文就blast進(jìn)行簡(jiǎn)要概述 所需文件...
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使用EGGNOG-Mapper對(duì)非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對(duì)于非模式物種，需要做GO或KEGG富集，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對(duì)你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中，可以同時(shí)獲得序列映射上的GO號(hào)或KO號(hào)，直接提...
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基因功能注釋-eggnog mapper目前最好用、最完整的功能注釋軟件是 eggnog-mapper。新版本包括基因組和功能數(shù)據(jù)庫的全面更新，以及效率增強(qiáng)和幾個(gè)新功能。 從原始重疊群進(jìn)行從頭基因預(yù)測(cè) 成對(duì)直系同源...
