發(fā)簡信
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pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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Needleman-Wunsch 算法及實(shí)現(xiàn)Needleman-Wunsch (NW) 算法常用于基因序列匹配以及單詞匹配，是一種實(shí)現(xiàn)全局最優(yōu)匹配的動態(tài)規(guī)劃算法。其最差情況下的時(shí)間復(fù)雜度是, 空間復(fù)雜度是，其中和是兩個(gè)...
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免疫治療結(jié)果與風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)的直方圖1.需求 為了直觀的展示免疫治療結(jié)果與病人風(fēng)險(xiǎn)高低之間的關(guān)系，如圖： 2.數(shù)據(jù) 需要病人的高低風(fēng)險(xiǎn)分組，和免疫治療結(jié)果 3.畫圖代碼 因?yàn)閿?shù)據(jù)是編的，就不用看high和low...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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思路清奇SCI:07.糖酵解基因+ccRCC(4+分）PMID: 雜志：Frontiers in Oncology 背景 作者通過對正常/癌旁與腫瘤組織進(jìn)行GSEA分析發(fā)現(xiàn)5個(gè)糖酵解相關(guān)通路（glycolysis）在腎透明細(xì)胞癌...
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思路清奇SCI:19.免疫相關(guān)eRNAs+HCC.4.59分免疫分析在腫瘤中一直是非常hot的“熱點(diǎn)”，圍繞免疫又出現(xiàn)了一波熱潮，如免疫分型、免疫相關(guān)lncRNA等，今天在看文獻(xiàn)時(shí)，發(fā)現(xiàn)又出現(xiàn)了新的熱點(diǎn)免疫相關(guān)eRNA。下面就來分析下...
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思路清奇SCI:18.HRDscore+CXCL10+乳腺癌.11分同源重組缺陷評分（HRD score）是乳腺癌（BRCA）研究的熱點(diǎn)區(qū)域，如果跟免疫扯上關(guān)系呢？下面就來學(xué)習(xí)下這篇HRD score+單基因CXCL10+乳腺癌高分文章吧。 ...
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思路清奇SCI:14.干擾素-γ相關(guān)基因+肺癌PMID: 發(fā)表雜志：Aging (Albany NY) 知識點(diǎn) IFN-γ: Interferon-gamma,干擾素-γ。 背景 在細(xì)胞因子如IL-2、IL-12等的誘導(dǎo)...
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使用ggplot2和ggrepel包做火山圖我是個(gè)R新手，只會簡單的畫一些圖，還不能隨心所欲的畫圖。Hadley Wickham男神的ggplot2包以及tidyverse超級大包真是讓人膜拜！最近實(shí)驗(yàn)室留學(xué)生讓我?guī)退?..
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R語言代碼-繪制SCI發(fā)表級的nomogram及calibration圖需求描述 畫出paper里的nomogram圖和校準(zhǔn)曲線 出自https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1470-2045(...
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R語言ROC曲線繪制01-survivalROC作者：白介素2 相關(guān)閱讀：R語言生存分析04-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型R語言生存分析-02-ggforestR語言生存分析-01ggpub...
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Seurat包合并多個(gè)單細(xì)胞樣本示例數(shù)據(jù)：GSE139324有63個(gè)samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
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miRNA的下一個(gè)研究浪潮？A-to-I edited miRNA走起！
提到非編碼RNA，大家最熟悉的就是miRNA, miRNA靶基因研究，miRNA-lncRNA研究等等。小編最近發(fā)現(xiàn)了一個(gè)miRNA的新研究：A-to-I edited ...
