發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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初入職場(chǎng)的生信猿，喜歡折騰代碼整點(diǎn)有意思的東西
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質(zhì)量檢測(cè)：FastQC拿到測(cè)序數(shù)據(jù)后我們首先要進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估（Quality Control），常用的工具就是FastQC。FastQC的詳細(xì)使用說(shuō)明：http://www.bioinformati...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報(bào)告的詳細(xì)解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測(cè)序平臺(tái)編號(hào)，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
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一文讀懂FastQC Report前言：從今天開(kāi)始就開(kāi)始為拼裝轉(zhuǎn)錄組做準(zhǔn)備啦，今天聽(tīng)了技能樹(shù)組織的生信人論壇，感覺(jué)很有意思。特此聲明：本文所有代碼及文件經(jīng)通過(guò)本人親自實(shí)踐！絕對(duì)沒(méi)有副作用！當(dāng)然希望大家多提出寶...
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跳出生信，嘗試寫作的新手
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lncRNA數(shù)據(jù)處理（get fasta>>>novel lncRNA))）
情況說(shuō)明：我有兩個(gè)實(shí)驗(yàn)，每個(gè)實(shí)驗(yàn)兩個(gè)重復(fù)，我現(xiàn)在要鑒定到新的lncRNA之后進(jìn)行差異分析。大體思路，我會(huì)先通過(guò)常規(guī)的鑒定novel lncRNA方法鑒定到新的轉(zhuǎn)錄本，將轉(zhuǎn)錄本...
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手把手入門--DESeq2差異基因分析準(zhǔn)備工作 需要你先安裝好R-3.6.0 、Rtools-3.5、Rstudio，這是基本的運(yùn)行環(huán)境。 然后再此基礎(chǔ)上安裝DESeq2 的R包。 >Install.packag...
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研究生在讀，植物病原真菌致病基因功能解析&生信分析~歡迎相互交流，共同進(jìn)步。
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Primer Premier 5.0引物設(shè)計(jì)PCR引物設(shè)計(jì)⑴ 確定PCR產(chǎn)物片段大?。╬roduct length）；⑵ 確定引物所在區(qū)段；⑶ 確定引物序列的長(zhǎng)度范圍（primer length ）；⑷ 確定引物Tm值...
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生信＋實(shí)驗(yàn)：最全單基因研究套路總結(jié)
隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，每年測(cè)序數(shù)據(jù)量以PB級(jí)增長(zhǎng)。隨著海量測(cè)序數(shù)據(jù)的增長(zhǎng)，越來(lái)越多的研究人員開(kāi)始挖掘公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的測(cè)序數(shù)據(jù)的意義。已有很多研究表明，某個(gè)基因可能參與了某種腫瘤的...
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高通量測(cè)序中的接頭（adapter）到底是什么主要參考 祝讓飛 的文章及 Tufts 網(wǎng)站中的信息，特此致謝。 首先放一張測(cè)序示意圖，在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列，也就是我們今天要講述的主角。 1 基本概念 1....
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生信分析學(xué)習(xí)筆記 - RNAseq （五） HISAT2回帖及評(píng)估聲明：本文部分內(nèi)容和部分圖片來(lái)源于網(wǎng)絡(luò)。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記，不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理，序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
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科學(xué)院小碩一枚<br>細(xì)胞生物學(xué)專業(yè)<br>愛(ài)好攝影
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4、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對(duì)及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì)，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...
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