拿到測序數(shù)據(jù)后我們首先要進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估(Quality Control),常用的工具就是FastQC。FastQC的詳細(xì)使用說明:http://www.bioinformati...
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺(tái)編號(hào),現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
前言:從今天開始就開始為拼裝轉(zhuǎn)錄組做準(zhǔn)備啦,今天聽了技能樹組織的生信人論壇,感覺很有意思。特此聲明:本文所有代碼及文件經(jīng)通過本人親自實(shí)踐!絕對(duì)沒有副作用!當(dāng)然希望大家多提出寶...
情況說明:我有兩個(gè)實(shí)驗(yàn),每個(gè)實(shí)驗(yàn)兩個(gè)重復(fù),我現(xiàn)在要鑒定到新的lncRNA之后進(jìn)行差異分析。大體思路,我會(huì)先通過常規(guī)的鑒定novel lncRNA方法鑒定到新的轉(zhuǎn)錄本,將轉(zhuǎn)錄本...
準(zhǔn)備工作 需要你先安裝好R-3.6.0 、Rtools-3.5、Rstudio,這是基本的運(yùn)行環(huán)境。 然后再此基礎(chǔ)上安裝DESeq2 的R包。 >Install.packag...
PCR引物設(shè)計(jì)⑴ 確定PCR產(chǎn)物片段大?。╬roduct length);⑵ 確定引物所在區(qū)段;⑶ 確定引物序列的長度范圍(primer length );⑷ 確定引物Tm值...
隨著測序技術(shù)的發(fā)展,每年測序數(shù)據(jù)量以PB級(jí)增長。隨著海量測序數(shù)據(jù)的增長,越來越多的研究人員開始挖掘公共數(shù)據(jù)庫中的測序數(shù)據(jù)的意義。已有很多研究表明,某個(gè)基因可能參與了某種腫瘤的...
主要參考 祝讓飛 的文章及 Tufts 網(wǎng)站中的信息,特此致謝。 首先放一張測序示意圖,在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列,也就是我們今天要講述的主角。 1 基本概念 1....
聲明:本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡(luò)。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記,不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理,序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
概況:使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對(duì),確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對(duì)采取的方案不同。分別是ungapped alignment to ...