參考生信技能書(shū)一文打通單細(xì)胞上游:從軟件部署到上游分析[https://mp.weixin.qq.com/s/pQyUieRVXohY1enqjN4lLA]prefetch官...
@Hayley筆記 參考了您的代碼,"Error in rownames(sc_data) :
argument "sc_data" is missing, with no default"在這一段也出現(xiàn)了,請(qǐng)問(wèn)是什么原因呢?
pred.ScRNA <- SingleR(test = scRNA@assays$RNA@data, ref=ref,labels=ref$label.main,clusters = scRNA@active.ident,fine.tune = TRUE,BPPARAM = MulticoreParam(40))
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類(lèi)型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程: Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
@Hayley筆記 我也遇到這樣的報(bào)錯(cuò),是在SingleR自動(dòng)注釋預(yù)測(cè)細(xì)胞的
predictions <- SingleR(test=assay_for_SingleR,
ref=cg, labels=cg$label.main)
這步出現(xiàn)的,請(qǐng)問(wèn)可以如何解決呢?
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類(lèi)型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程: Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
你們?cè)囘^(guò)在一個(gè)圈子里禁錮了好久后終于跳出來(lái)是什么感覺(jué)嗎? 就如吾名,吾乃一累成狗的醫(yī)學(xué)生,按著衛(wèi)雞委的所謂的改革制度參加了考研也即將參加所謂的住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)再加專(zhuān)科培...
前段時(shí)間跟見(jiàn)習(xí)醫(yī)生們相處了一段時(shí)間,有了很多心得體會(huì),于是總結(jié)成文,你可以在丁香園的醫(yī)學(xué)教育版塊上看到它:http://www.dxy.cn/bbs/topic/301546...