WGCNA：加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析，簡而言之，就是將基因劃分為若干個模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -
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【基因組學(xué)】使用StringTie+gffread鑒定基因的新轉(zhuǎn)錄本寫在前面 ????轉(zhuǎn)錄組通常被用來尋找差異基因，但是有的時候我們想看一下已報道的基因是否存在可變剪切現(xiàn)象，即新轉(zhuǎn)錄本的挖掘，這個時候就需要利用StringTie+gffrea...
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gffcompare的使用說明參考文獻：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達分析這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程?；救蝿?wù)是得到差異分析結(jié)果，進...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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如何優(yōu)雅地使用Sublime Text3Sublime Text：一款具有代碼高亮、語法提示、自動完成且反應(yīng)快速的編輯器軟件，不僅具有華麗的界面，還支持插件擴展機制，用她來寫代碼，絕對是一種享受。相比于難于上手的V...
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公眾號：青檸學(xué)術(shù)。分享優(yōu)質(zhì)的科研技巧、效率工具。
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基因組|測序數(shù)據(jù)質(zhì)控篇前言： 一般測序下機數(shù)據(jù)會存在含N比例過大、測序質(zhì)量較低的堿基數(shù)占比過高、含有duplication、序列污染等低質(zhì)量reads,這些不合格的reads會影響后續(xù)的分析，所以...
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簡單理解RNA-Seq今天就當一個小故事看吧，看了statQuest，感覺講的很棒，于是分享給大家原版視頻后臺回復(fù)“RNAseq”??花花今天效率太低寫不完推送，于是我從晚上10點半開始幫她，有點緊...
